横から失礼します。
wela3z さんが書きました:
CCleanerの実行やPCのログオフ・再起動が原因かと調べてみましたが、それらの影響を受けるときと受けない時がほぼ同じ回数ありました。
とのことなので、十分検証されていて、Thunderbird の動作の仕組みもご承知のことと思いますが、具体的な言及がなかったことについて、経験的に知っていることを書かせていただきます。
ご承知のように、Thunderbird の標準 UI 的には、クイックフィルターバーとメッセージペインは [表示] されるのが初期値です。
通常、ユーザーがこれらを [非表示] にした場合、その情報はプロファイル内の session.json というファイルに記録されていて、次回起動時にはその情報を読み込んで Thunderbird が立ち上がります。
つまり、[非表示] にした状態が復元されて起動するわけです。（開いているタブやウィンドウの情報も同様に session.json に記録されています。）
もし、なんらかの事情で session.json が初期化されるか、削除された場合、Thunderbird はこれらの情報については初期値で起動しますから、ご質問のような状態になる可能性はありえます。
CCleaner に限りませんが、この種のシステムクリーニングソフトで、Thunderbird の [セッション] がクリーニング対象になっていると、そのソフトが実行された段階で session.json が消去されるはずですから、そのタイミングでご質問のような状態は起こりうると考えられます。
ただし session.json は、Thunderbird の終了時にその時点の情報を記録して生成され、次回起動時に読み込んだ時点でいったん消えます。
このため、Thunderbird が起動中にシステムクリーニングソフトを実行した場合は、session.json がプロファイル内に存在しないため消されることはありません。
一方、Thunderbird が終了している状態でシステムクリーニングソフトを実行した場合は、直前のセッション情報を記録した session.json が消されるため、次回起動時にはクイックフィルターバーやメッセージペインの状態が初期化されてしまうことは起こりうると思います。
理屈の上では、このような条件差によって「影響を受けるときと受けない時」の違いが生まれる可能性は考えられますね。
（補足）
既存のプロファイルでセーフモードの「ツールバーとコントロールをリセットする」を実行したり、localstore.rdf を削除した場合は、UI そのものは初期化されますが、プロファイル内にセッション情報が保存されていれば、それを読み込んで Thunderbird が起動しますから、クイックフィルターバーとメッセージペインの [非表示] の状態が復元されるはずです。
新規プロファイルでの初回起動時は、localstore.rdf も session.json も初期化されますから、クイックフィルターバーとメッセージペインも初期状態に戻され [表示] になると思います。
要するに、Thunderbird 自身のセッション管理に異常が起こっているか、あるいは他の何者か（アドオンや外部プログラムなど）が Thunderbird のセッション機能に干渉している可能性が考えられますので、そうした観点からも調べられてはいかがでしょうか。
ストレートな解決策ではありませんが、ここまでの流れで触れられていなかった側面からひとこと...。役に立たない話だったらすみません。
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