横から失礼します。
Thunderbird の一般的な情報については、kiki さんが詳しく説明してくださっていますから、気になる点だけを追加的に述べます。
まず前提条件として、もつら さんが使ってこられた方法は、Thunderbird の標準的な運用方法ではないように思われます。この点に最大の注意を促しておきます。
もつら さんが書きました:
いつもは外付けHDDと接続するとでてくるランチャーからThunderbirdを起動して、
これ、BUFFALO の外付けハードディスク（ポータブル・タイプ）に付属しているポータブルランチャー（モバイルランチャー）のことではないでしょうか？
そうであれば、このランチャーから起動することで、一般的なシステムドライブ（通常は C ドライブ）にいっさい干渉せず、Thunderbird などのアプリケーション（のプログラムとプロファイル）を外付けドライブ内だけで完結的に扱うようになります。
ぼく自身は BUFFALO 製品を使ったことはありませんが、U3 規格のようなポータブル・アプリケーション実行環境といえばいいでしょうか。
つまり、このランチャーの支配下で Thunderbird が実行されるため、通常の Thunderbird の動作とは異なる独自の側面があり、通常のトラブルシューティングの手順がそのままでは通用しない場面がありうることを、最初に理解しておいてください。
その上で、一般的な Thunderbird のサポート情報をべースにしながら、BUFFALO 製品独自の条件を組み合わせて判断していくことになろうかと思います。
で、この種のポータブルランチャーの機能からいうと、Thunderbird のプロファイル（メールやアドレス帳などを含む）は外付けハードディスク内に保管されているはずです。
｜ ランチャーを経由せず Thunderbird を直接実行すると、
｜ C ドライブにプロファイルを作るよう促されるはずです。
具体的な場所はランチャーの仕様に依存しているはずですから、そのハードディスクのマニュアルなどを確認してみてください。
あるいは、kiki さんのご案内により通常の Thunderbird（2.0 系）のプロファイル内に含まれる代表的なファイルがわかるはずですから、それらのファイル名で当該の外付けハードディスク内を検索すると、プロファイルの場所が見つかると思います。
これらのファイル群を含むフォルダを発見できたら、上位フォルダごと別メディアにコピーしておくことをお勧めします。
そうすることで、最悪の事態に陥った場合でも、PC 内蔵の C ドライブに最新の Thunderbird をインストールするなどの方法を駆使し、メールデータやアドレスデータを救い出せる可能性を担保できるからです（プロファイル内のデータが破損していないことが前提ですが）。
ただし、セキュリティのため暗号化ユーティリティなどと組み合わせて使っておられたのなら、データ全体が暗号化されている可能性も否定できません。この場合、その外付けハードディスクで規定された手順の動作以外では、データを正常に取り扱えないかもしれません。
このあたりは、ユーザーがその外付けハードディスクでどのようなユーティリティソフトをどのような設定で使っているかに大きく依存するはずですから、第三者には詳しいことはわかりません。
もつら さんが書きました:
何やらファイルは沢山あるのですが……というか、この症状が出てから文字化けしたようなファイルがどんどん増えていてキモチワルイです。
kiki さんからもご指摘がありますが、気になるのは問題の起こりはじめと、このあたりの現象です。
杞憂であることを祈りますが、もしこれがハードディスク自体の物理的な障害に起因していて、現在は Thunderbird に直接的な症状が現れているという背景があってのことなら事態は深刻です。早晩、全体に問題が起こってくるはずですから...。
ハードディスクが生きているうちに、Thunderbird 関連だけでなくそこにある（ユーザーが失いたくない）すべてのデータを救い出す必要があろうかと思われます。
しかし、それらを一気に救い出そうとして急激かつ大量のディスクアクセスを発生させると、その負荷を引き金にして "危篤状態" のハードディスクにとどめを刺してしまう可能性もありえます（夏場ですし熱破損の危険が増えるとか）。
このあたりの実際は、状態を実見できない第三者には確実な判断はできません。そういうケースもあることを念頭に置きつつ、ご自身でご判断ください。
もつら さんが書きました:
ずっとむかし、PCがクラッシュした時に なくなって一番困ったのがメールだったので、外付けHDDで保存するようにしていたのですが……
ハードディスクには必ず寿命があります。それは PC 内蔵であれ外付けであれ同じです。
ひとつのハードディスクにだけ存在するデータは、そのハードディスクが壊れれば（原則として）失われます。それは PC 内蔵であれ外付けであれ同じことです。
まして、独自の運用方法（BUFFALO 独自のモバイルランチャー経由等）で Thunderbird を使ってきたのなら、緊急時のサルベージも独自の要素を考慮しなければならない分、標準的な運用方法の場合に比べて情報も少なく、復旧に困難を伴いやすいといえます。
直接的な解決方法や手順についてではありませんが、そこに手を出す前提として、事前に理解しておいたほうがいいと思われる事柄を列挙してみました。
Thunderbird だけを見て、その外付けハードディスクやランチャーなどの独自条件を無視していじり回すと、かえって状態を悪化させる危険がありますから、全体像を把握してトラブルシューティングに臨まれることをお勧めしておきます。
とりあえず以上です。的外れだったらすみません。
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