お世話になります。
Bug 735940 は修正パッチがチェックインされて RESOLVED FIXED となりました。
Target Milestone: Thunderbird 14.0 となっていますが、うまくいけばバージョン 13.0 にも
適用されるかも知れません。

とのコメントがございましたが、一度フィルタの破損が発生すると、
:aceman 2012-03-31 15:27:13 PDT
The fix by itself does not fix your target folders once they are incorrect. TB doesn't know what they were previously so it can't restore them.
It just prevents them changing in the future when you move any unrelated folder.
Unfortunately you must go into the filter editor and fix the target in each filter manually.

とあるので、Thunderbird14にアップグレードしても、フィルタの破損は直らない。
・・・この認識で合ってますでしょうか。どなたがご存知でしょうか。