Outlook Express -> Thunderbird の引っ越しにおいて、Outlook Express の複数ユーザーに対処した経験は、だいぶ昔に友人からの頼みで手伝った一回きりなので、ちょっとうろ覚えなんですが......。
Thunderbird の [ツール] -> [設定とデータのインポート] で、Outlook Express を対象にインポートをおこなう場合、Outlook Express の既定のユーザー（Thunderbird でいうデフォルトのプロファイル）のデータしかインポートしません。
このため、Outlook Express で複数のユーザーを切り替えて使っていたようなケースでは、既定外のユーザーは Thunderbird の標準的なインポート操作では取り込まれません。
したがって、Outlook Express 側で既定のユーザーを切り替え、そのつど Thunderbird からインポートを実行したように覚えています。
Outlook Express のメニューから、[ファイル] -> [ユーザー] -> [ユーザーの管理] で開く画面で、[プログラムを起動するときは、次のユーザーを使用する] 、[プログラムで、ユーザーを選択するよう要求できないときは、次のユーザーを使用する] を、それぞれ目的の [ユーザー] に切り替えて Outlook Express を再起動します。
｜ もしかしたらシステムの再起動も必要だったかもしれません。
｜ 要は、Windows レジストリに登録される Outlook Express の既定情報が、
｜ 目的の [ユーザー] に確実に切り替わっていればいいのですが...。
再起動した Outlook Express を終了し、今度は Thunderbird を B プロファイルで起動して、[ツール] -> [設定とデータのインポート] から Outlook Express を対象にインポートを実行すると、その時点で既定になっている Outlook Express のユーザーデータを取り込んでくれるはずです。
ただ、Outlook Express のアドレス帳、つまり Windows のアドレス帳と同義ですが、これは両ユーザーのものをまとめて取り込んでいて、あとで友人に整理してもらった記憶もありますので、Outlook Express のアドレス帳から CSV 形式でエクスポートしたものを、Thunderbird のアドレス帳でインポートしたほうが区分けして取り込めるかもしれません。
ちょっと記憶に自信がない部分もあります。そのあたりを飲み込んだ上で参考にしてください。
もっとスマートなやり方があるかもしれませんが、とりあえず以上です。外してたらすみません。
（補足）
単一の Thunderbird で、複数のプロファイルを同時に（つまり排他的にではなく）起動する方法はあります。
-P オプションによるプロファイル指定と -no-remote オプションを組み合わせるやり方です。
ただし、この方法はそれなりに理屈を理解して使用しないとリスクも大きくなります。
Thunderbird のプログラムが、同時に使うプロファイルの数だけ多重起動するので、システム・リソースの消費は大きくなり、確実にシステム負荷を高めます。
また、例えば A 、B のプロファイルに同じアカウントが登録されていて、定期的な自動受信が指定されているような場合、2 つのプロファイルを同時起動しているとメールサーバに同時アクセスが発生して問題を起こしやすくなったります。
使用条件や運用方法を配慮しないといけない面があるため積極的にはお勧めしませんが、理屈を勉強してみたいということでしたら下記などが参考になると思います。
・Command Line Options - MDN
実行は At Your Own Risk でお願いします。
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