アカウント設定で、受信後もサーバに残すと設定しているにも関わらず、サンダーバードで受信した瞬間にサーバから消えています。
何日後に削除するという項目もチェックしていません。

ブロバイダ（eo光）に問い合わせても、そちらには問題がないとの事。

どうしていいかわかりません。
ご存知の方があれば教えてください。

　
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読んでその内容を理解した上でそれに
　沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として OS の種類、Thunderbird の正確なバージョンぐらいは書き添
　えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。


そのアカウント種別は POP ですか？それとも IMAP ですか？
受信したメッセージは Thunderbird 内に保存されていてサーバのみ削除されているのですね？

アカウント設定以外に確認してみるところは、
１．「受信トレイ」のプロパティにある保管ポリシーによる保存設定
２．メッセージフィルタで「メッセージを POP サーバから削除する」に該当していないか
です。

上記の確認をしてもサーバからメッセージが削除される設定が無いようでしたらトラブルシュー
ティングをおこなって Thunderbird のプロファイルあるいは本体側に問題が起きていないか切
り分けて対処してください。
　＃Thunderbird のセーフモード起動、新規プロファイルの追加作成と適用やクリーン
　　インストールです。
[参照]
Mozilla Thunderbird 7.0.1 リリースノート - トラブルシューティング
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ


【補足】
Thunderbird 5.0 以降ではセーフモードの実行方法が変更・追加されています。
（A）起動中の Thunderbird からセーフモードで再起動する場合
　　　メニューの [ヘルプ] -> [アドオンを無効にして再起動] を実行してください。
（B）終了している Thunderbird をセーフモードで起動する場合
　　　[Shift] キーを押したまま、通常の手順でスタートメニューやデスクトップのアイコン
　　　から起動してください。
（C）従来どおりの -safe-mode の起動オプションを付加して起動を実行する。

いずれの場合も、[Thunderbird セーフモード] というダイアログが表示されます。
どの項目もチェックをつけないで [セーフモードを続ける] ボタンを押してください。