【前置き】
まずお約束ですが、このフォーラムはユーザーコミュニティであってバグ報告の場所ではありません。
フォーラムを見ている他のユーザーさんに不具合（と思われる現象）の追試・検証をしてもらい、問題点の理解を深めることには役立ちますが、Thunderbird の開発陣に不具合の解消を求める意味で報告したいなら、
https://bugzilla.mozilla.org/
にポストするのが本筋です。
【本題】…と考察…
Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja; rv:1.9.2.15) Gecko/20110303 Thunderbird/3.1.9
の環境で簡単にテストしてみました。
Subject を空欄にしたメッセージを自分宛に送信し、受信したそれをドラッグ＆ドロップでデスクトップに保存すると、おっしゃるようにファイル名が「null」で拡張子がないファイルが保存されました。
このファイルをテキストエディタで開くと、中身は当該メッセージの内容を保持していました。
比較として、当該メッセージを [ファイル] -> [名前を付けて保存] -> [ファイル] 、または右クリックから [メッセージを保存] でデフォルト条件のまま保存すると、Subject がない当該メッセージはファイル名が「message.eml」で保存されました。
保存されたファイルのデータ内容にとくに問題があるわけではありませんが、同一のメッセージに対し、保存方法によって自動的に付与されるファイル名（拡張子の有無を含め）が異なるという一貫性のなさは、ユーザーからすれば不可解な挙動に見えます。
すでにご指摘があるように、保存されるファイル名のデフォルト値はメッセージの Subject の内容が当てられているようなので、Subject がないメッセージの保存ファイル名が「null」になるのは、ある意味で直球というか真っ正直です。
しかし一般的には、Subject を認識できない場合のデフォルト値は、「message.eml」のようなプリセットされた汎用名称を付与してくれるほうがありがたいかもしれません。
むしろ、[メッセージを保存] などのメニューからの動作は、保存ダイアログが開いてファイル名を任意に修正できる分、デフォルトが「null」でもユーザーの意思を反映して保存できますが、ドラッグ＆ドロップによる保存はユーザーがファイル名を修正する余地がないまま直に保存されてしまうので、こっちのほうこそ「message.eml」のような一般名をつけてくれるほうがありがたいかもしれません。
いずれにしても、メッセージを保存する手順の違いが保存結果の違いとして現れるというのは、内部処理に違いがあるからだと推測されます。
ぼくを含めた一般的なユーザーはプログラム内部の処理プロセスをほとんど意識しませんから、「目的」（メッセージをファイルとして保存したい）が同じなら、「操作手順」（メニュー、D&D...）が異なっても、「結果」（名称を含め保存されたファイルの状態）は同じであってほしいと考えるんじゃないでしょうか。
なお、「ドラッグ＆ドロップでメッセージを保存したとき拡張子が付かない」という話は、Bugzilla をざっと検索するといくつか報告されていて、一例を挙げれば次のようなものがありました（本件とは直接関係ない部分もあるようですが）。
ただ、いずれもステータスは UNCONFIRMED（未確認）となっていて、現時点では修正すべきバグとしては認識されていないようです。
・
Bug 581940 - Drag and Drop email to desktop omits the eml (.eml) extension
単なる追試と考察ですが参考まで...。的外れだったらすみません。
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