OS：Windows Vista
TB：3.0 です。（2.0.0.23 からバージョンアップ。IMAP なのでアカウントを１から作成し直し。）

Thunderbird（以下、TB）を Gmail（IMAP）で利用しています。
3.0 にバージョンアップしてから、以下手順で TB 側にメールが残ってしまいます。

1) TB 起動。Gmail を IMAP で読み込んで、受信トレイに1件受信。
2) TB 終了。次にブラウザ（Firefox3.5.5）から Gmail を開き、受信トレイのメールをアーカイブ。
　　（受信トレイからメールをなくす）
3) TB 再度起動。TB の受信トレイには先ほどアーカイブしたメールがそのまま残る。
　　何度も同期しなおしても残ったまま。日を改めても残ったまま。

2.0.0.23 のときは 3) の時に IMAP サーバを読み込んだ時に
IMAP サーバ側と同期してくれて 1) のようなメールは消えてくれてました。
TB 3.0 の挙動を 2.0.023 の時のように（ほぼリアルタイムで同期が反映）変更できますでしょうか。

　
Thunderbird 3.0 では IMAP の仕様が変更されてデフォルトではすべて同期して
ローカルにメッセージを保存するようになったと記憶しています。

アカウント設定でローカルに保存するようにしていませんか？
また同様に「終了時に受信トレイを整理（expunge）する」にチェックを入れていま
すか？
　

回答ありがとうございます。

確かにすべてのフォルダが同期になっていたので、
検証のため迷惑メールフォルダで同期を外したところ
すぐには反映されませんでしたが、一夜おいたところサーバとリンクしました。
（ブラウザの Gmail で削除したメールが、Thunderbird から消えた。）

受信トレイに関しては同期はまずはそのままに、
終了時整理のチェックも入れましたが、こちらはまだ消えないため、
もう少し様子を見たいと思います。

なんとなく動きとその設定箇所が見えたので
監視しながら利用したいと思います。

　
IMAP のしくみはおおよそご存知かとは思いますが補足だけ。

IMAP は同期するのが利点ですね。
「ローカルに保存」もできるのも便利です。
この「同期」と「保存」をしっかり区別して利用してください。

「同期」の利点はローカルにメッセージを保存しなくても良いというところです。
すべてサーバ上で保管されていますので PC 内の HDD の容量を食わずに済みます。
Thunderbird 3.0 では同期のみの場合 Gmail 上の「受信トレイ」の要約ファイルだけ
作成し、メッセージはローカルに保存しないで利用できます。
（確かそのはず・・・）
注意点としては Thunderbird 上で削除すると Gmail 上でも削除されてしまう点です。
（同期だから当たり前か・・・）


同期しないに設定したら IMAP の利点が利用できないはずですが・・・・。
逆に Thunderbird 側で削除したメッセージが Gmail 上でも削除（同期）されるか
試して確認してみてください。
　
＊ローカルに保存されているかどうかはオフラインにして同期させているフォルダ内の
　 メッセージを見るとわかりやすいです。
　

kikiさん

説明の仕方がまずかったです。大変失礼しました。

やりたかった事は同期なのですが、Thunderbird が Gmail と同期してくれなかったのが
そもそもの始まりでした。（2.0.0.23 はリアルタイムで同期されていたので。）

先の説明で「同期をやめた」といったのは、フォルダのプロパティの「同期」タブで
「このフォルダをオフラインで利用する」のチェックを外した次第でした。
こうすると、オンラインでのみ利用＝ちゃんと同期するかな、と思ったのです。

Thunderbird 3.0 の動きを見る限り、上記のチェックを入れると
先に Thunderbird 側でダウンロードしたメッセージは
その後サーバ側でメールを移動しても Thunderbird には反映されないで
Thunderbird で最初に受信したトレイに残り続けるように感じました。

3.0 はリリースされたばかりですし、気長に試行錯誤してみます。