使用バージョン：Thunderbird 2.0.0.17
使用OS：Windows XP SP3

アカウントの受信フォルダと、ローカルの受信フォルダの両方に
同じメールが受信され保存されます。
なぜだか時には、ローカルフォルダは、受信のマークのみ表示され
メールの保存が、無い場合もあります。

ローカルの受信フォルダへは、受信も保存もされないように設定する
には、どのようにすればよろしいでしょうか？

POP3環境ではなく、IMAP4環境で、お使いなのでしょうか？
POP3ならローカルフォルダに「受信トレイ」で、アカウントの「受信トレイ」は無いはず。
POP3で利用されてるなら、なにかmsgFilterRules.dat周りでのトラブルか
prefs.jsが壊れたのだと思うのですが？

IMAPならmsgFilterRules.dat周りでのトラブルの可能性が高いと思いますが？

アドバイスありがとうございます。
利用は、POP3で行っています。

>なにかmsgFilterRules.dat周りでのトラブルか
>prefs.jsが壊れたのだと思うのですが？

Thunderbirdを再インストールしなおして、メール本文をリストアすることが
最も簡単な解決手段でしょうか？

多くの場合、再インストールでは不具合は解決しません。
メッセージフィルタなどの設定に問題が無ければ怪しいのは拡張機能のような気がしますが・・・。
セーフモードは試されたのでしょうか。
とりあえず 不具合診断チャート - もじら組Wiki をよく読んで問題の切り分けをしてみてはいかがしょう。
　
＊メッセージデータなどのバックアップをした上で作業することをお勧めします。