セーフモードや新規プロファイルの適用でも受信時に機能しないのであれば IMAP 特有の
現象なのかも知れませんね。
以下のドキュメントによると、
Message Filters - MozillaZine Knowledge Base
引用:
By default, Thunderbird doesn't support filtering the message body in a IMAP account. There is no "Body" in the list box. Older versions of Thunderbird will let you filter the message body in a IMAP account if you add "Body" as a custom header . Either create a new filter or edit a existing filter and select "customize" in the left most list box. Enter "Body" as the "new message header".
なんてことが書いてあるのでメッセージフィルタをカスタムヘッダで定義したらうまくいくかも
知れません。
例：差出人＝From
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