それともprefwindowでのselectイベントはこういう動作になってしまうのでしょうか。

pane を切り替えるときには、その pane を選択したり、pane の selector を選択したり、prefwindow のプロパティを設定したり…といった一連の動作が行われますが、select イベントはその中の「pane を選択」とか「selector を選択」とかで発生するはずですから、「一連の動作」はまだ途中ですね。
つまり、select イベントが発生した時点では、「一連の動作」が完了していると思ってはいけないはずです。

その一連の動作は command イベントで開始するようになっていますから、どのペインに切り替わるのかを取得するには、command イベントを捕らえれば良いでしょう。
もし、そうではなくて「一連の動作」が完了したときを捕らえたいのであれば… そんなイベントがあるのかどうかは知りません。

ボタンのクリック→prefpaneの切り替え→必要に応じて、そのペインの内容のロード
まで終わった段階でpaneloadというイベントが発生しますので、それを使ってみてはどうでしょうか。
prefpane要素にonpaneloadイベントハンドラを書くだけでも利用できます。

なるほど、やはり切り替わる前でイベントが発生してたんですね。
prefwindowでのoncommandをちょっと試してみたところ、lastSelectedプロパティの値が選択したペインの値を指しているように見えました。
これで合ってるのかな？(^^;)

lastSelected プロパティが変化するのは「一連の処理」の結果ですから、prefwindow 側の「一連の処理」が終わった後ならば変化していますが、もしその前に自分の方が呼ばれてしまったら変化前です。

そうではなく、切り替わった結果を調べるのではなくて「prefwindow が切り替えようとする先はどこなのか」の取得であれば、切り替え処理の前でも後でも、同じものが取得できるはずです。
それを取得するのは、先に書いたリンク先にあるのところです。