組織内メールアドレス（ダイアログ上部の枠内）に、以前は全体をチェックオンにするためのチェックボックスがありました。
1.2.9では、そのチェックボックスがなくなり、代わりに「組織内へのメール」の見出しを押すと全てのチェックが入るようになりました。

ダイアログのデザイン変更に伴うチェックボックス廃止になりますでしょうか。
機能上は問題無いですし、おそらく上下のフォームを統一したのかなと思いました。
ただ、上は全チェック機能で、下はただの見出しとなっていて、上下の機能が別になりますので、
チェックボックスはつけておいたほうが良いのではと思います。

これって作者のレポジトリっぽいんですが、PR出してみるのがいいかと思います。

https://github.com/Meatian/confirm-address/

# 以下独り言
confirm-address-overlay.js のやり方が気に入らない。
XUL のオーバーレイで送信をフックしたい。

（4/18追記）
45.0 で動作しなくなったのは、この confirm-address-overlay.js で元の SendMessage() 関数を呼び出せなくなってたことが原因です。
Thunderbird 本体から現在のコードをコピーしてきて対応しました。
同じように SendMessage() を置き換えている他の送信確認系のアドオンも 45.0 で動作しなくなってるはずです。

上記の件ですが、試してみたら、下記の修正でも動作するようになります。
単にvarを消すだけです。varの有り無しで、スコープが変わるようになったんですかね。。。
※TB38.7.2ではvarの有無関係なく動作しました。

//confirm-address-overlay.js

var SendMessage = function()
↓
SendMessage = function()

あと、あまり同種のアドオンを共存させることはないとは思いますが、
xulのオーバーレイでフックするようにした場合、同じくxulのオーバーレイでフックしているアドオンの場合には
片方動かなくなりますね。。。

Thunderbird5.2にアップデートしたらと送信できなくなりました。

設定画面確認すると設定内容がクリアされていて設定することもできません。