利用環境
Windows 7
Thunderbird 17.0
Lightning 1.9
Provider for Google Calendar 0.18

Thunderbirdを更新してからかと思いますが、Lightning上で予定を新規追加する際に、
開始時間を設定すると勝手に終了時刻が1時間後になります。
1時間以上の予定を登録しようと終了時刻を変えると、開始時刻が変わります。
時間設定をリストから選択する場合も、手動で「17:00」と入力する場合も変わりません。

例
17時から19時までの予定を入れようとし、
開始を17:00にすると終了時刻が勝手に18:00になる
終了時刻を19:00にすると開始時刻が18:00になる

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64) AppleWebKit/537.11 (KHTML, like Gecko) Chrome/23.0.1271.97 Safari/537.11

開始日時と終了日時の横にある鎖のようなアイコンをクリックしてみてください。
これが繋がってる絵になっていると開始日時と終了日時が連動(予定期間の長さを維持)します。
クリックして切れてる絵になれば連動が解除されます。

_________________
[Desktop] Windows 7 Professional SP 1 (64bit) / Intel Core i7-2600 / AMD Radeon HD 7870 / 16 GB Memory
[Laptop] Windows 7 Professional SP 1 (64bit) / Intel Core i5-520M vPro / Intel HD Graphics / 8 GB Memory
常用環境: Firefox Beta (Win64 x86-64), Thunderbird Beta + Lightning Beta (Win32)
テスト環境: Firefox ESR, Firefox Release, Firefox Developer Edition, Firefox Nightly (Win64 x86-64)
Cai/1.0 (Homo sapiens; N; Homo sapiens chemist; male; rv:0.0.3.5+)
-- いつまでたっても nightly

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64) AppleWebKit/537.11 (KHTML, like Gecko) Chrome/23.0.1271.97 Safari/537.11