FireFox3.6をWindows7環境で使うと文字化けが起こります。
しかも、文字化けするのはタイトルバーだけで、タブや本文は文字化けを起こさないため、文字エンコードで戻すことができないなど、まったく対処できず困っています。

これでは、プレビュー時にタイトル確認ができないなど、不都合が生じます。
そのため3.5に戻して様子を見ているのですが、タイトルバーだけ文字化けということは解消できないのでしょうか？

Firefoxのセーフモードや新規プロファイルではどうなりますか？

[参考]
http://support.mozilla.com/ja/kb/%E3%83 ... 1%E7%90%86


[補足]
バージョン系列が違う(3.5.*と3.6、3.0.*と3.5.*など)Firefoxで同じ(ひとつの)プロファイルを使いまわすと不具合の原因となる場合があります。
できれば、系列が違うときは、新しいプロファイルを作ることをオススメします。

プロファイルやセーフモードというよりは、PDFファイルを開いた場合に起こることが多いですね。

PDF（ファイル自体）の中身の問題と思われますが如何でしょうか？
PDFファイルは作成した事が無いので詳細は不明ですが、同じ文字化けはHTMLでも再現されます。
所謂「タイトル」要素の後のmetaの文字コードが埋め込まれてると文字化けは確実に発生します。
又はファイル保存時の文字コードが適切で無い場合にも。
違うかな？

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＊Windows 10 21H1 64bit/＊GoogleJapaneseInput：ATOK2017：MS-IME
Firefox 95.0：Beta 96：Developer Edition 96：Nightly 97.0a1：
Thunderbird 91.4.0：Earlybird 96：Daily 97.0a1：SeaMonkey 2.53.10/2.58a1：
Opera 82.0.4227.23：Google Chrome 96.0.4664.93/98.0.4756.0（Official Build）canary：
SRWare Iron 96.0.4900.0：Lunascape 6.15.2：Avant Ultimate 2020 build 3, 3.17.2020