3.6にしたら今まで見れていた「https://」のURLを認識しません。
何か設定が必要なのでしょうか？

ちなみにOSはWindowsXP Pro

https:// で始まるサイトのすべてが見られないのでしょうか？　それとも一部なのでしょうか？
一部なのであれば、サイト側が Firefox 3.6 に対応していない可能性もあるのでは？
具体的なサイトの記載があれば、他の方の環境でも発生するのか等から問題を推測出来る場合もありますが。