ウィンドウAとウィンドウBを常時表示しており，
A，B両方のリンクをAだけに表示したいです。
どうすればよいでしょうか？

OS Windows7
Firefox 3.5.6 です

質問が簡素すぎて、具体的な条件や状況がよくわからないのですが、
ウィンドウ B で開いているページ内のリンクを、普通にクリックして、既存の別ウィンドウ A に開きたいという意味ですか？
もしそうだとしたら、一般には困難だと思います。

運用上の工夫でできるとすれば、次のようなやり方しか思い浮かびません。

・ウィンドウ A で開いているページのリンクは、普通にクリック。 ->　ウィンドウ A（の既存タブまたは新規タブ）に表示。
・ウィンドウ B で開いているページのリンクは、ウィンドウ A にドラッグ＆ドロップ。 ->　ウィンドウ A に表示。
　　｜ その際、ウィンドウ B の当該リンクを、ウィンドウ A の...
　　｜ 　－既存のタブ内にドロップすれば、そのタブが置き換わる。
　　｜ 　－タブバーにドロップすれば、新規タブで開く。

違う話だったらすみません。

その通りです。

ウィンドウBをGmail専用にしてメーラーのように使いたかったんですが、
難しいのですね。ありがとうございました。