バージョンアップする前からなのですが、
バージョン3.5.4にバージョンアップしてもYahooのトップページ等で

Yahoo! JAPANトップページの全機能をご利用いただくには、下記の環境が必要となります。
Windows：Internet Explorer 6.0以上 / Firefox 3.0以上　Macintosh：Safari 3.x以上

と、表示される。

UAがおかしくなっている可能性がありますので、UAをお書き添えください。

ちょっと前にあった質問を補記しておきます。
http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=9278

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#なお、これから質問される時はお使いの環境と製品のバージョンを含めるように気をつけてください。
質問によっては環境が書かれていなくとも推測できるものもありますが、
お使いの環境が重要な情報となる質問の場合、余計な時間がかかりますので、気をつけていただければ幸いです。

UAを作り直す事で改善いたしました。

ありがとうございました。