ブックマークツールバーに名前なしのフォルダを作成しその中にブックマークをいれています。
下の画像のようにブックマークツールバーの項目を戻るボタンの左に置きました。
http://imagepot.net/view/125326312584.jpg

Firefox3.0ではこのように表示されるのですが、
http://imagepot.net/view/125326312685.jpg

Firefox3.5ではこのようにうまくフォルダを表示してくれません。
http://imagepot.net/view/125326312785.jpg

*メニューバーがないのはHide Menubarのアドオンをいれているためです。

なにか対策などがあれば教えてくださいお願いします。

　
まず最初に以下から。
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読むのをお勧めします。
＊環境として OS の種類、Firefox のバージョンぐらいは書き添えましょう。
　
基本的なトラブルシューティングである
・Firefox のセーフモード
・新規プロファイルの適用
・クリーンインストール
を試しても改善されないでしょうか。

もし改善されないようでしたら以下のバグが該当するのかも知れません。
Bug 447571 – bookmarks expansion broken when all items are put on a single toolbar
「ブックマークツールバーをロケーションバーや検索バーと同じツールバーに配置した場合, Firefoxを再起動するとブックマークツールバーが展開されない。」
Bug 449736 – [Bookmarks Toolbar]Chevron is not displayed when window width was narrowed.
「ブックマークツールバー上でドロップインジケータが表示された後では, ドロップインジケータ表示位置よりウィンド幅を狭めた時にChevronが表示されない。」

上記の場合は以下のアドオンを適用することで解決できるかも知れません。
Bug 447571 (Expand bookmarks toolbar) :: Add-ons for Firefox
　

こちらのアドオンをいれたところ、正しく表示されるようになりました。ありがとうございました。

最後になってしまいましたが、環境は
Windows 7
Firefox3.5.3
です。
また、Windows Vista SP2,Ubuntu9.04でもFirefoxが3.5～3.5.3の時同じような症状が起きることを確認しています。