はじめて投稿いたします。
現在作成中のもので、IE 6.0 SP3では稼動して、Firefox 3.0.11 では稼動しないものがあり
苦慮しております。

IEでは、インターネットオプション→イントラネット→レベルのカスタマイズ
→ドメイン間でのデータソースアクセス→有効にする。
を設定すれば、JavaScriptからイントラネット上の別ドメインにアクセス可能
なのですが、Firefoxでは、警告のメッセージボックスも表示されずエラーコンソール
にインフォメーションとして
「セキュリティエラー:http://xxx/xxx.html のコンテンツがhttp://yyyy/yyyy.cgi?zzz
　からデータを読み取ることは禁止されています。」
と表示され、一切実行できません。

Firefox上の設定で対応可能であれば、ご教授いただきたく よろしくお願いいたします。

実物を見ないと何とも言えませんが、
HTTP access control
https://developer.mozilla.org/En/HTTP_access_control
とか
Same origin policy for JavaScript
https://developer.mozilla.org/En/Same_o ... JavaScript
とか
Server-Side Access Control
https://developer.mozilla.org/En/Server ... ss_Control
とかの領分かなぁ、と思います。