Firefox 3.5.3 (Windows Vista Home Premium SP1) を利用しています。
私はアップローダに自分の作成したプログラムをアップロードする際に、パスワードの保存機能を利用しています。
例えば、アップロードする際のフォームに以下のように入力します。

コメント: MySoft ver.1.00
削除パス: ●●●●●

このパスワード(削除パス)を記憶させ、次のバージョンをアップロードする際にも自動的に入力されるようにしています。
次にアップロードする際は、まずコメントの最初の文字(この例の場合はM)を入力して記憶されているリストを表示させて、
リストから選択して自動的に入力された状態にします。
その状態で、コメントの部分を例えば

コメント: MySoft ver.1.01

のように変更してアップロードしていました。

しかし Firefox 3.5 にしてから、自動的に入力されたパスワードがアップロードボタンを押した瞬間に消えてしまいます。
最初このことに気付かず、いくつか削除できないファイルができてしまいました。
どうもフォーカスを別のオブジェクトに移した段階でパスワードが消えてしまうようです。
アップローダだけではなく、ログインを行うフォームにおいても同様の現象が発生します。

Firefox 3.0 を使用していた時はこのような現象は発生しませんでした。
どうすればパスワードが消えないようにできますでしょうか。

おそらく、iy さんのケースでは「コメント・削除パス」のペアで認識されているのでしょう。
このような場合、アカウント名に相当するほうを編集すると、保存されているペアとは異なるということでパスワードの自動補完が効かなくなるのではないでしょうか？

と、ここまで書いたのですが、3.0 以前も同様の動作だったような記憶が……