（１） Windows のスタートメニュー ＞ すべてのプログラム ＞ Mozilla Firefox ＞ Mozilla Firefox（セーフモード）で起動してみてください。

（２）すると「 Firefox セーフモード」ダイアログが立ち上がってきますので、「セーフモードを続ける」ボタンをクリックしてください。
※この時、ダイアログの各項目のチェックを変更してはいけません。

すると Firefox が拡張機能などを OFF にした状態で起動しますので、仰っている現象が再現するかどうか確認して下さい。

上記の方法だと透けませんでした。
アドオンがおかしいのでしょうか？

入っているのはNoia3.68でした。

ugh!! went back to older version! loose the transparency!!!!

I like your theme very much.
But *please* stop this glass effect!
Its too much glass, I dont have enough contrast anymore.
Went back to V3.66

横から失礼致します。


通常、テーマは Noia 2.0 (eXtreme) を使われているのでしょうか。
ぼてじゃこさんが提示して下さったセーフモードでの起動だと、デフォルトのテーマが使用された状態となります。

Noia 2.0 (eXtreme) と言うテーマは この投稿時点で最新の 3.68 (2009年 8月 23日にバージョン更新)から
透過する仕様に変更になったみたいですね。
私の環境 (OSX10.5.8 で Firefox 3.5.2)で Noia 2.0 (eXtreme) 3.68 だとコンテキストメニューだけ透けました。
Windows XP で Firefox 3.5.2 でも試してみたら、コンテキストメニューだけでなく、
"ブックマーク" やら "ツール" などのプルダウンメニューも透け透けでした。
Noia 2.0 (eXtreme) 3.68 のレビューを見ると、透過の仕様になってしまって
使い辛い(前のバージョンの方が良かった)みたいな投稿が結構ありますね。
以下、透過仕様に対する不評の抜粋です。



おそらく、Firefox の自動更新後にアドオンの更新が実行されたのではないでしょうか。
その際、以前のバージョン 3.66 から 3.68 になってしまったのでは。

Noia 2.0 (eXtreme) のバージョン履歴 :: Firefox Add-ons から以前のバージョンをダウンロード出来ますので、
あなたが使っている Firefox のバージョンで作動するモノに差し替える事も可能かと思います。