Boot Camp の Windows じゃなくて Mac OS での話ですよね？
最初に、Mac 版 Firefox はタイトルバーの左端Ｘボタンを押してもアプリケーションは終了できません。明示的にメニュー Firefox の「終了」を選択するか command + Q で終了します（command + esc や kill で強制終了という方法もありますが）
で、表示されているアラートが「Firefox - 前回終了時のセッションの復元」というものなら、正常に Firefox を終了しなかったためでしょう。
複数のタブ、またはウィンドウを開いた状態で Firefox を「終了」させる際に、「開いているタブを保存して次回起動時に復元しますか？」というダイアログが表示されるので、保存して終了すれば、次回起動時に前回のセッションを復元します。
baji さんが書きました:
以前は、ウィンドウのXマークをクリックして閉じても復元できました。
タブに関係した拡張機能をインストールしていません？たとえば Tab Mix Plus とか。もしそれでしたら、現在 AMO にアップされているバージョンは Firefox 3.5 に対応していません。