ブックマークは places.sqlite というファイルです。（注：Firefox 3 系の場合）
プロファイルフォルダ内にあります。
プロファイルフォルダの場所は以下です。
[参照] プロファイル
[Windows Vista]
C:\Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\<profile folder>
[Windows 2000、XP、Server 2003]
C:\Documents and Settings\<ユーザ名>\Application Data\Mozilla\Firefox\<profile folder>
[Windows NT]
C:\WINNT\Profiles\<ユーザ名>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<profile folder>
[Windows 98、ME]
C:\Windows\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<profile folder>
[Mac OS X]
~/Library/Application Support/Firefox/Profiles/<profile folder>
[Linux および Unix システム]
~/.mozilla/firefox/<profile folder>
プロファイルフォルダにはブックマーク以外にも各種ユーザ情報が保管されています。
以下を参照してください。
Files and folders in the profile （英語）
日本語なら以下のサイトがわかりやすいでしょう。
Firefox 3のプロファイルフォルダについて: やってもzilla備忘録
OS が復旧した際に再度 Firefox を利用する場合、ブックマークだけではなくプロファ
イルフォルダをまるごとバックアップしておけばリストアが簡単になると思います。
＊Firefox のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊ytooyama さんとかぶった。。。
