http://www.svenbader.de/anwendungen/firefox.htm
↑このソフトで検索をいじくったところ、
ツールバーのナビゲーションツールバーが初期状態に戻ったまま、
カスタマイズしても設定が反映されなくなりました。

設定直後は反映されてるかのように見えるのですが、
終了して再起動したり新しいウィンドウを開くと元に戻ってしまいます。
ちなみにバージョン１．５、OSはWinXPです。

とりあえず、これを削除してみて下さい。

とりあえずプロファイルフォルダの中にある localstore.rdf というファイルを削除してから再起動してみてください。
カスタマイズが初期化される症状は大概の場合以上の手順で解決されます。
それでも駄目な場合はプロファイルを作り直してしまうのが一番手っ取り早いと思います。

プロファイルフォルダを削除しましたが効果ありません。
入れなおしても変わりありません。
完全に削除するにはどうすればいいでしょう。

正常に機能しました。ありがとうございます。
プロファイルフォルダがプログラムファイルのfirefoxフォルダの中にもあったのでそちらと混同してしまってました。

http://www.mozilla-japan.org/support/firefox/profile
こちらのプロファイルフォルダをいじることで無事クリアできました。