firefox2を使っていた時に、mozbackupでバックアップファイルを作りました。・・・※
パソコンが突然壊れ、ハードディスクを交換した関係でデータが消えてしまいました。
そこで、新たにfirefox3をインストールをしmozbackupでバックアップしたファイル（※）を復元しました。
ですが、ブックマークだけが復元されませんでした。

対処方法などがあったら教えていただけませんか？

以前に似たような質問があったら申し訳ございません。

まず、ご利用の環境については OS の種類やバージョン、また Firefox についても詳細なバージョンを
ご記載ください。その方が解決の近道です。

mozbackup 自体を使ったことが無いのであくまで推測で恐縮ですが、異なるバージョンのバックアップ
データをリストアするのはトラブルの元になる場合もあるのではと思います。若干検索してみたところ、
1.5.* 系から 2.* 系には異なるバージョンでも mozbackup で移行できたとの情報もありましたが…。

Firefox3 をプロファイルも含めて一旦アンインストールし、Firefox 2.0.0.16 をインストール →
mozbackup でバックアップしたデータをリストア → Firefox3 にアップグレード …… の手順では
いかがでしょうか。

もじら組 Wiki - Profile guide - プロファイルの移行方法の「ブックマークの引継ぎ」を参照下さい。

以下のトピックも参考にどうぞ。
MozillaZine.jp :: トピック - ブックマークのコピーについて
MozillaZine.jp :: トピック - ブックマークファイルの更新について