ブックマークのAのフォルダの中にB,C,Dのフォルダと、フォルダに入れていないショートカットの様なページがあると、タブで全て開くを選んでもB,C,Dのフォルダ以外のAフォルダの中身だけが開かれてしまいます。
Aのフォルダの中身を全て一度に開く方法は無いのでしょうか。

調べたところ似たような使い方が出来そうな物に

タブですべて開くとしたときに既存のタブが上書きされてしまうのを防ぐにはどうしたらいいか
about:configでbrowser.tabs.loadFolderAndReplace をfalse

2chのまとめサイトではこう書いてあったのですが、about:configがどこにあるのか
またこれはセーフモードでの書き換えのようなPCのシステムに干渉をするんでしょうか？

ご要望されていることと、browser.tabs.loadFolderAndReplaceは違います。

browser.tabs.loadFolderAndReplaceは、たとえば、
a,b,c
と3つのタブを開いている時に
d,e,f
をまとめて開く時に、
d,e,f
と開くか、
a,b,c,d,e,f
と開くかを変えるものです。

about:configは、URLバーにabout:configと打ち、enterして使用します。
PCのシステムには全く影響しません。

> セーフモードでの書き換えのようなPCのシステムに干渉をするんでしょうか？
セーフモードで書き換えてもPCのシステムに影響するようなことはありません。