Firefoxの「ソフトウェアの更新」をすると、必ずブックマークの内容が消えます。
これを防ぐことは出来ないでしょうか。

その他トップページの設定などは、特に問題ありません。

Bug 検索してみました。

Bug 284099 – bookmarks lost when upgrading Firefox
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=284099

最近も多数の同様例が Bug 登録されていますが、上記 Bug の重複と見なされているようです。
以下はそれらの一例です。

Bug 365038 – lost bookmarks on upgrade
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=365038Bug
Bug 372231 – Firefox update = Loss of all bookmarks
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=372231
Bug 379057 – Lost Bookmarks
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=379057

復旧方法については以下を参考にして下さいと書かれてます。

Lost bookmarks - MozillaZine Knowledge Base
http://kb.mozillazine.org/Lost_bookmarks


Lost bookmarks の中の記述で、Firefox を終了させないで、コンピュータを落としたりすると
ブックマークが無くなると言った事も書かれてます。
以前のトピで PC 強制終了後にブックマークが無くなった事例もありました。
今回の場合は該当しないかもしれませんが・・・。

ブックマークが行方不明
http://mozillazine.jp/forums/viewtopic.php?t=5949


Lost bookmarks のなかで、もう一つ気になった以下の記述がありました。

Corrupt localstore.rdf - MozillaZine Knowledge Base
http://kb.mozillazine.org/Corrupt_localstore.rdf

localstore.rdf ファイルがおかしくなっている(壊れている)と、
ブックマークが表示されないことがあるようです。
この場合「ブックマークの管理」ではブックマークは見れるものの、
メインメニューのブックマークは空の状態のようです。
この症状であれば以下に紹介されている二通りの方法のいずれかで
localstore.rdf ファイル を再構築するよう解説あります。

Safe Mode method:
Firefox を終了します。
Firefox をセーフモードで起動します。
「ツールバーとコントロールをリセットする」にチェックを入れて
「変更を実行して再起動をクリック」

Alternate method:
Firefox を終了します。
プロファイルフォルダを開いて localstore.rdf を削除します。
で、再起動。
注意事項. 間違って Firefox のプログラムのインストールデレクトリ内の
localstore.rdf を削除しないで下さい。

どちらの方法もツールバー表示関係のカスタマイズ情報がなくなってしまいます(初期値に戻ってしまう)ので、
現状の表示設定をスクリーンショット等を取っておき、表示を復旧する様に薦めています。

問題のある現在のプロファイルをやめて、新規プロファイルを作り
必要なデータ(ブックマーク等)を移行するのも一案かもです。

回答にはなっていないですが以上参考まで。

# 私も過去に一度だけブックマーク無くなった経験あります。

>>この場合「ブックマークの管理」ではブックマークは見れるものの、
>>メインメニューのブックマークは空の状態のようです。

突然、このような状況になりました。
　・ブックマークの管理を開くとブックマークは残っている
　・Ctrl+Bでもブックマークを見ることが出来る。
　・画面上部のメニューからブックマークを見ることが出来ない

です。画面上部のメニューを多用するためとても困っていますが、

「SafemodeMethod」も「AlternateMethod」も修復できませんでした。
他に修復方法はありませんか？　教えてください。

以下を参考に新規プロファイルを作成して下さい。

ブックマークが行方不明