バージョン2.0.0.7を使っているのですが、突然ブックマークのほとんどが消滅し、フォルダがひとつだけ残り、その中のブックマークも何個か名前が飛んでしまって、なかったはずのフォルダ（中身なし）ができていたりになってしまいました。

検索機能を試してみても、ブックマークの管理から見ても一緒なので他の事例にはあてはまらないのでまったく分かりません。

さらに少し前にも同じことが起き、そのときはブックマークが全て消滅していました。

いったい何が起きたのでしょうか？

プロファイルを作り直したほうがよいかもれません。
下記を参考に。
http://www.mozilla-japan.org/support/firefox/profile

ブックマークは、旧プロファイル内のbookmarkbackupsフォルダにあるbookmarsks-(日付).htmlというファイルをbookmarks.htmlに直し、新プロファイルにコピーしてから立ち上げれば元に戻ります。
もしくは、新規プロファイルで起動し、ブックマークの管理からインポートしてください。

新規プロファイルで問題がなくなったら、プロファイルマネージューで旧プロファイルを削除してください。