※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Firefox のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。時間が経っていますので、すでに解決なさったかもしれませんが...。
ユーザースタイルの話なので、とくに利用環境の違いに影響を受けることは少ないですが、いちうおう投稿時にお使いになったブラウザの User Agent から Windows 環境での話だという前提で以下に書きます。
Akatuki さんが書きました:
38系を使用しているときはuserChromに下記の記載を行い、オプション画面からＳｙｎｃや検索のタブを非表示にしていました。
Firefox 38.x 系では、オプション設定画面を従来型の別ウィンドウで開く方式と、タブ内にコンテンツとして開く新方式を、about:config から切り替えられました。
browser.preferences.inContent
-> true ＝タブ内に開く（デフォルト） …（a）
-> false ＝従来型の別ウィンドウに開く …（b）
ユーザースタイルを使ったオプション画面のカスタマイズは、
（a）タブ内にコンテンツとして開く場合は
userContent.css に、
（b）従来型の別ウィンドウの場合は
userChrome.css に、
それぞれ対象となるセレクタとカスタマイズしたい状態を指定することになります。
（a）と（b）では、指定条件を書くファイルが異なりますし、対象となるセレクタも異なります。
一方、Firefox 45.x 系では browser.preferences.inContent の設定が削除され、オプション設定画面が（a）のタイプに固定されています。
この場合、38.x 系を（a）の状態で使い、
userContent.css でカスタマイズしていたのなら、45.x 系でもそのまま通用するはずです。
しかし、browser.preferences.inContent を false にして（b）の状態で
userChrome.css からカスタマイズしていた内容は、45.x 系では反映されません。
Firefox 45.x 系で、オプション設定タブ（about:preferences ）にある [検索] と [Sync] のパネルを非表示（無効）にしたいのなら、
userContent.css を使ってそれぞれのセレクタに指定をつけてください。
オプション設定タブ（about:preferences ）にある各項目のセレクタは、
[検索] パネル -> #category-search
[Sync] パネル -> #category-sync
となるはずです。
about:preferences を開いた後、開発ツールのインスペクタで要素を選択すると、その HTML や CSS のソースを確認でき、セレクタの ID や class が簡単にわかりますので、細目はご自身で確認してください。
（補足１）
オプション設定の一部を非表示（無効）にしたいというニーズは理解できます。
しかし、オプション設定タブ（about:preferences ）の表示状態を希望どおりにできても、[検索] 設定画面は [検索バー] の [検索設定を変更] からも開けますし、[Sync] のセットアップはオプション設定タブ以外（例えば about:home 下段の Sync ボタンから）でも実行可能です。なにより、セーフモードで起動すればユーザースタイルは無効化されるので、非表示にした設定項目はすべて見えるようになります。
何を、どの程度コントロールしたいのかによって、ふさわしい方法が変わってきますし、ユーザースタイルを使った方法では限界があるケースもありますから、そのあたりにもご留意ください。
（補足２）
ご承知のこととは思いますが、CSS のプロパティとして visibility を使うのか、display を使うのか。visibility の場合は値に collapse を使うのか、hidden を使うのかは、対象となる要素を最終的にどのように処理したいのかで変わってきます。ユーザーの目的によって適切な組み合わせを選択してください。
（参考）
・visibility - CSS | MDN
https://developer.mozilla.org/ja/docs/W ... visibility・display - CSS | MDN
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/CSS/displayとりあえず以上です。役に立たない話だったらすみません。
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