誤ってサーバ証明書と認証局を削除してしまいました。
以来、一部のWebページがテキスト表示になってしまい、Java？が機能せずIE等での表示と異なり困っています。

削除は、オプションの「詳細」パネルの「証明書」タブの「証明書を表示」ボタンをクリックして「証明書マネージャ」ウィンドウで実施しました。

どの認証局を削除したか覚えていないため、認証局の初期化したいのですが、方法が判らないため教えて下さい。

一応、サーバ証明書を初期化できるということで、FireFoxのリフレッシュを試しましたが状況は変わりませんでした。

また、「CRL マネージャ」でなんとかできそう？と思ったのですが、下記のMozillaサポートの記載の「失効リスト」「検証」ボタンが表示されず「CRL マネージャ」を起動できずに試せませんでした。
　https://support.mozilla.org/ja/kb/configuring-certificates

[証明書マネージャ] にある [サーバ証明書] と [認証局証明書] のいくつかの項目を削除してしまったということでしょうか。

「安全な接続ができませんでした」などのエラーメッセージが出るかと思うのですが、そのようなエラーメッセージは出ず、Web ページ自体は開くことができるが表示がおかしくなる、というお話ですか。

URL を提示していただくと、他のユーザーさんが動作検証をすることができ、どのようなことが起こっているかが明らかになりやすいと思います。

[トラブルシューティング情報] のページから、[Firefox をリフレッシュ] を実行したということは、cert8.db も初期化されたはずなのですが、それで以前の動作にならないのだとしたら、ユーザーが任意にインポートしていた [サーバ証明書] 、[個人証明書] 、[あなたの証明書] などが影響しているのかもしれませんし、別の要因が絡んでいるのかもしれません。

このサポートページは Thunderbird のもので、なおかつ内容が古いままですね。
Firefox の場合、「失効リスト」は 24.0 で削除され、それ以降のバージョンには存在しません。

現状では、問題点の切り分けが十分ではないと思われるので、ピンポイントな解決策を示すことができません。
次の公式サポート記事を読んで、その中の「新しい Firefox のプロファイルを作成する」を試してみてはいかがでしょう。

現状では、問題点の切り分けが十分ではないと思われるので、ピンポイントな解決策を示すことができません。
次の公式サポート記事を読んで、その中の「新しい Firefox のプロファイルを作成する」を試してみてはいかがでしょう。
（参考）・基本的なトラブルシューティング | Firefox ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/troub ... x-problems

現行のプロファイルは温存したまま、新しいプロファイルを追加作成すると、証明書関係のデータを含む全体が初期状態で生成されます。
この新しいプロファイルで起動した Firefox は素の状態（基準）なので、それで対象のサイトにアクセスできるのか、期待通りの動作をしてくれるのかなどの動作を点検してみることで、現行プロファイルと比較でき、問題点が見えてくるかもしれません。

現象としては以下と同様？
MozillaZine.jp フォーラム ・ トピック - FirefoxをVer39.0 にバージョンアップしたらgoogleに接続できなくなった

「一部のWebページがテキスト表示になってしまい」というのが、添付ファイルのような現象であるのなら、アドオンなどでスクリプトをブロックしているということはありませんか。

基本的なトラブルシューティング | Firefox ヘルプ
のサイトをスクリプト不許可＋異なるドメインへのリクエストを拒否する設定でひらいたものです。
また、上記サイトはEV SSLであり、サイト側の証明書がきちんと検証できていれば、アドレスバーが画像の如く緑色になりますが、このあたりの表示はどうなっていますか。

お察しの通り、FireFoxのリフレッシュでcert8.db は初期化されています。といいますか、cert8.db を初期化するためにリフレッシュしました。
また、独自にインポートした証明書はないためその影響ではないと思います。

さっそく試しました(「プロファイルマネージャ」で新規のプロファイルを作成して、そのプロファイルを選んだ状態で「FireFoxを起動」ボタンをクリック)。
結果、まったく状況は変わらずテキスト表示は相変わらずです。

あと、セーフモードでの起動も試しましたが状況は変わらずです。

トピックの表題は「誤って削除してしまった認証局（CA）の復元方法を教えて下さい」となっていますが、これはすでに実行済みで、本当に解決したいのは「一部のWebページがテキスト表示になってしまい、Java？が機能せずIE等での表示と異なり困っています」のほうだというお話ですね。

「テキスト表示になってしまい」というのが、meeyar さんがお示しくださった添付画像のようだとすると、スタイルシートが適用されていない状態のように見えます。
Firefox のメニューバーから、[表示] -> [スタイルシート] -> [スタイルシートを使用しない] を選択したときと同じような表示状態といいましょうか。

お使いのセキュリティ対策ソフトを一時的に無効化して、「テキスト表示に」なる Web ページにアクセスしてみると、どういう表示になりますか。

あと Firefox 側でやるとしたら、クリーンインストールぐらいでしょうか。

接続できないのはアドオンのインストール等のみで、それまでのWebページは接続できるので、若干、現象は違うように思います。

大変無知で申し訳ないのですが、"スクリプト不許可＋異なるドメインへのリクエストを拒否する設定"というのはどうやって実施するのでしょうか？

残念ながら会社のパソコンでセキュリティ対策ソフトを無効化できない(セキュリティ対策ソフトを無効化するとネットワーク接続できない)ため、検証できません。
すみません。状況の説明が不足していました。IEやChromeでは同じWebページを問題なく表示できています。このため、セキュリティ対策ソフトが原因ではないように思います。

新規プロファイルやセーフモードでも再現するとの話なので、Firefoxのプログラム本体(Firefox.exe)に何らかのダメージを負っている可能性も考慮した方がいいかもしれません。

もしそうなら、まずはプロファイルを維持したままFirefoxのインストールをし直しては如何でしょうか。

これはアドオンで実現させています。
「スクリプト不許可」はNoScript、「異なるドメインへのリクエストを拒否」はRequestPolicyで行っています。

ただ、今回の事例ではアドオンの影響はなさそうとのことで、正常に表示されない理由は別なところにありそうに思います。

Internet Explorer や Google Chrome で問題が起こっていないからといって、セキュリティ対策ソフトが原因ではないとはいえません。

セキュリティ対策ソフトにもよりますが、ファイアーウォール機能やサイトブロック機能などが、特定のアプリケーションソフトがおこなう特定の通信に対してだけ制限をかけているケースがあります。
Urania さんの場合の具体的な経緯はわかりませんが、今の段階では、何かの事情で Firefox の特定の通信だけブロックされてしまったという可能性を否定し切れませんから、関係ないと決めつけてしまわないほうがいいのでは、と思います。

かといって、今の段階でそれが原因だと断定しているわけでもありません。
原因の推測をつけられるだけの判断材料があれば、狙いを絞った効果的な対処ができるでしょうが、そうでない段階では、可能性のある要素をひとつずつ潰していく地道な点検が必要になってきます。そういう意味で、可能性のある要素を点検もしないでスルーしてしまわないほうがいい、という話です。

まずはプロファイルを維持したままFirefoxのインストールをし直しては如何でしょうか。

meeyar さんのご提案を進めてみるのもいいと思います。

会社にシステム管理者がおられるのなら、相談してみることをお勧めします。社内システムのことをご存知である分、このフォーラムで回答する部外者とは異なり、社内仕様に則ったアドバイスがもらえるのではないでしょうか。（社内仕様を知ることができない立場の部外者には、アドバイスできることに限界があります。）

プロファイルを維持してのFirefoxの再インストールを試しましたが、結果、相変わらずテキスト表示のままでした。
よってクリーンインストール(アンインストール＋プロファイルもすべて削除)も実施しましたが、残念ながら状況は変わりませんでした。

会社の他のPCで同じバージョンのFireFoxをインストールして同じWebページを開いた場合は問題なく表示されたため、個人的なFireFoxを含むPCの設定が原因のようです。

先に、FireFoxのアドオンがインストール出来ないと書きましたが、https://addons.cdn.mozilla.net/ が該当のURLの1つとなっています。

テキスト表示されるWebページは複数あるのですが、Mozillaのアドオン入手のページもテキスト表示になり、アドオンのインストールができません。
https://services.addons.mozilla.org/ja/ ... addon/wpg/

上記Webページの「Firefox へ追加」をクリックして開かれるページ(こちらもテキスト表示です)で「今すぐダウンロード」をクリックすると"接続の安全性を確認できません"と表示されます。

問題が起こっている PC におけるセキュリティ対策ソフトの設定内容（特定ドメインをブロック対象にしてしまっているか否か）

あるいは Firefox に自動的にインストールされていたかもしれないそのセキュリティ対策ソフト独自の証明書の影響があるか否か

自動的にインストールされていたかもしれない証明書につきましては、IEと比較中ですが、記載の単語等が微妙に異なるため時間を要しています。
確認、対策が完了次第、再度、ご報告いたします。

あるいは Firefox に自動的にインストールされていたかもしれないそのセキュリティ対策ソフト独自の証明書の影響があるか否か

22つのご提案の内、セキュリティ対策ソフトの設定を確認、対策しましたが状況は変わりませんでした。
実施した内容は下記になります。
　ウィルス対策ソフトは法人ソフトで設定を参照することすらできなかったため確認、対策できませんでした。
　ファイアウォールは正常に表示できているGoogleChromeの設定と同一に変更しました。

自動的にインストールされていたかもしれない証明書につきましては、IEと比較中ですが、記載の単語等が微妙に異なるため時間を要しています。