OS X 10.9.2 + FireFox 27.0.1 。で発生します。
再起動すると元通り（存在するウィンドウのみリストアップされる）になる時もありますが、しばらくすると再現します。
「トラブルシューティング情報」から「Firefoxを初期状態にリセットする」を実行しても改善しませんでした。

画面のハードコピーは以下の Tweet をご覧下さい。
https://twitter.com/a_ono/status/438941462026125313

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Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.9; rv:27.0) Gecko/20100101 Firefox/27.0

リセットでは、古いデータが引き継がれます。
http://support.mozilla.org/ja/kb/reset- ... t-problems

まっさらなプロファイルを作って、データを引き継がず、アドオンを入れず、初期状態のままで、改善されるか、同じかを確認してみてください。
http://support.mozilla.org/ja/kb/profil ... x-profiles

ところで、Twitterで「まただ」とお書きになっていますが、いつごろからでしょうか？
その時の、OSやFirefoxのバージョンは覚えていますか？

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[Desktop] Windows 10 pro (64bit) / 16GB RAM

こんにちは、対処方法、ありがとうございます。
余り内部構造に詳しくないため一度設定を捨ててしまうのが怖いので
バックアップと復旧のリハーサルをする時間を作ってから試してみます！

この現象、ちゃんと思えていないのですが少なくとも一ヶ月以上前から起きています。
当初、一時的な物かと思っていた事などから、あまり問題視していなかったため
問題が発生したときのバージョンなどは控えていませんでした。申し訳ありません。


現象を再現してみました。

FireFoxを起動すると、まずは自動的に https://www.google.co.jp/ が開きます。
ここからGoogle News( https://news.google.co.jp/nwshp?hl=ja&tab=wn )を新規タブで開いても問題ありませんでした（ウィンドウ１個）。
さらに、Google Newsのページにあった以下の記事を新規タブで開いたところ、14個の空白行がメニューに追加されました。
（実際のウィンドウ数は１個なのに、ウィンドウメニューに15行）。

開いた記事： http://www.jiji.com/jc/c?g=soc_30&k=2014022700909

その状況から Command + N で新規ウィンドウを開いたところ、16番目に新規ウィンドウが登録されました。
以下にハードコピーを置きます。
https://twitter.com/a_ono/status/439015606491160577

取り急ぎ、自分の判る範囲ですがレポートまで。

プロファイルの初期化、時間を作って試してみます、ありがとうございました！

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Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.9; rv:27.0) Gecko/20100101 Firefox/27.0

新しいプロファイルを作っても、設定は残ります。
バックアップ不要です。
安心して、作ってください。

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[Desktop] Windows 10 pro (64bit) / 16GB RAM

/Applications/Firefox.app/Contents/MacOS/firefox-bin -p
で新規にプロファイルを作成して試してみましたが、やはり新しいタブやウィンドウを開いてみると
存在しないウィンドウ（空白）がメニューに追加されていきます。（＝状況改善しませんでした）

更に別の障害も発生しました。
Mac OS では、二本指を使って上下スクロールを指示するジェスチャーが使えるのですが、
一度少し下方向にスクロールして、その後、上端より更に上にスクロールさせようとすると、以後一切の
上下スクロールが効かなくなってしまいます。キーボードでのスクロールは問題有りません。
FireFoxを再起動すると、また二本指スクロールが使えるようになりますが、上記現象は何度でも
再現するので、上方向にスクロールするときは気をつけないと、以後使うのが非常に不便になってしまいます。

このスクロール障害はFireFox特有の現象のようで、同時に起動している他のアプリ（TerminalとかTwitterとか）は
問題・影響がありません。

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Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.9; rv:27.0) Gecko/20100101 Firefox/27.0

今追試したところ、
スクロール障害の件は、下端でも発生しました。
つまり、二本指ジェスチャーで上端、もしくは下端に達すると、以降二本指ジェスチャーは使えなくなる、という状況です。

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Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.9; rv:27.0) Gecko/20100101 Firefox/27.0

すいません、二本指ジェスチャーでスクロールしない件ですが、
OSを再起動したら再現しなくなりました。

お騒がせしました。

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Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.9; rv:27.0) Gecko/20100101 Firefox/27.0

変化なしでしたか。
メニューの件は、探しきれていませんが、スクロールの件は(OS再起動で直ったとのことですが)バグ登録されています。
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=934189
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=927702

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[Desktop] Windows 10 pro (64bit) / 16GB RAM

引き続き検証してます。

何らかのサイトを表示して、そのリンクを右クリックして「リンクを新規タブで開く」を指定したときに再現するような気もします。
もしかすると、Cookie を選択的に拒否しているのも関係有りますか？

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Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.9; rv:28.0) Gecko/20100101 Firefox/28.0

もしかすると「Cookieを毎回確認する」が問題なのかも知れません。
今、全てのCookieを受け入れる設定でいくつかのウィンドウを開いたり閉じたりしたのですが、
ウィンドウメニューに空白は増えませんでした。

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Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.9; rv:28.0) Gecko/20100101 Firefox/28.0

スレッドが少し違うので新しくします。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; rv:28.0) Gecko/20100101 Firefox/28.0