良いタイトルを考えつかず、可笑しいかとは思いますが、どうぞ宜しくお願い致します。

これまでずっとFirefox＋Thunderbirdの環境で、ネットブラウジング＋メール閲覧をしております。
Firefox アドオンとして「Tab Mix Plus」をインストールしてあります。

Firefox を 14.0.1 にバージョンアップしてから（これに伴い「Tab Mix Plus」も 0.4.0.3 にしたと思います）、
Thunderbirdでメール内のリンクを一回クリックするたびに、フォーカス（正しい言葉を知りません）が
Thunderbirdから離れてしまうようになりました。

Tab Mix Plus 設定の「イベント」→「タブを開く」→「以下のタブにフォーカス」欄で
「新しいウィンドウに開くはずだったタブ」のチェックは外してあります。

Thunderbirdで複数のリンクが記載されているメールを閲覧している場合に、これまでは
メール内リンクをクリックする
→タブキーを押す
→メール内の次のURL記載場所にジャンプできる
→URLをクリックする
→タブキーを押す
（以下繰り返し）
という作業で、バックグラウンドで全てのリンクについてFirefoxでタブを開いておき、
後で閲覧することが出来たのですが、現在は一番最初の、「メール内リンクをクリックする」という行為で
フォーカスがThunderbirdから離れてしまい、タブキーを押しても最早なんの反応も無くなってしまいます。

念のため、Firefox 13.0.1 をインストールし（Tab Mix Plus は 0.4.0.3 のまま）、
同じ作業をしてみると、理想通り、Thunderbirdへのフォーカスが持って行かれることはありません。

これは 14.0.1 での仕様なのでしょうか？　それとも不具合？
同じ状態の方いらっしゃいませんでしょうか。

最後にもう一度環境をまとめます。
・Windows 7 Home Premium SP1 64bit
・Firefox 14.0.1（リリース日　2012/07/17）
・Tab Mix Plus 0.4.0.3（リリース日　2012/07/18）
・Thunderbird 14.0（リリース日　2012/07/17）

少し時間が経っていますし、直接的な解決策ではないのですが、いくつかコメントさせていただきます。

当方、Windows XP SP3 環境で Firefox と Thunderbird は ESR 版（現時点で 10.0.6）を常用しています。
Firefox はテスト目的を含め複数のバージョンが入っていますが、システム既定のブラウザは 10.0.6 になっています。
Tab Mix Plus は使っていないため、あじ さんと同じ環境条件ではありません。

この状態で、Thunderbird 10.0.6 のメッセージに列記された複数リンク（URL）のひとつを、
（1）左クリックすると、Firefox 10.0.6 が起動し、Firefox のウィンドウが前面に出てくる形でその URL を開きます。
（2）中クリック（[Ctrl] + 左クリック）すると、Firefox 10.0.6 が起動し、Firefox のウィンドウは Thunderbird のウィンドウの背面になった状態でその URL を開きます。

Firefox が起動したまま引き続き Thunderbird のウィンドウから二番目の URL を、
（3）左クリックすると、Firefox のウィンドウは背面のままで同じウィンドウ内の新しいタブでその URL を開きます。
（4）中クリック（[Ctrl] + 左クリック）すると、Firefox のウィンドウは背面のままで同じウィンドウ内の新しいタブでその URL を開きます。

特別な設定としては、
browser.tabs.loadDivertedInBackground
の値を ture にしています。（デフォルトは false）
これは、外部のアプリケーションなどから新しいタブが開かれるとき、ただちにフォアグラウンド（前面）に表示するか、バックグラウンド（背面）のまま開くかを定義する設定項目のようです。
デフォルトの false ではリンクが Firefox に渡されるごとにウィンドウが前面に出てきますが、true にすると背面のままで新しいタブを開く動きになります。

当方の環境とそこでの Firefox や Thunderbird の動作が特殊なのかもしれませんが、こちらの状況としては Tab Mix Plus を入れない状態で上記のような動作になっています。


Tab Mix Plus を使った状態で Firefox 13.0.1 と 14.0.1 の比較はなさっておられるようですが、Firefox 14.0.1 で Tab Mix Plus を有効にした状態と無効にした状態での切り分けはいかがですか？

切り分け方法としては、まず Firefox 14.0.1 で新しいプロファイルを作り、それで Firefox を起動した状態 ―― つまり何もアドオンをいれず、各種設定も初期状態のまっさらな Firefox で、Thunderbird のメッセージ内のリンクをクリックしたとき、ウィンドウがどのような状態に切り替わるかを確認してみます。
これが Firefox の最も基本的な初期状態の挙動ということになると思います。
（参考）
・基本的なトラブルシューティング

次に、新しいプロファイルの Firefox で about:config から
browser.tabs.loadDivertedInBackground
の値を確認し、true に設定します。（設定後、念のため Firefox を再起動）
この状態で、Thunderbird のメッセージ内のリンクをクリックしたときのウィンドウの挙動を比較してみます。

これで、Firefox のウィンドウが背面のまま、Thunderbird から開いたリンクのタブが追加されていくなら、当方での（10.0.6 の）挙動と同じだといえます。
この場合、Tab Mix Plus を入れた現行プロファイルでそれが阻害されているのは、Tab Mix Plus（あるいはその他のアドオン、または Firefox 自体の設定）に何らかの要因があり、ご質問のような状況が起こっている可能性が高いと考えられます。
Firefox の設定の点検はもちろん、Tab Mix Plus を含むアドオン側の不具合をも視野に入れて現行プロファイルを点検していくことになろうかと思います。

一方、それでも Thunderbird からリンクを開くたびに Firefox のウィンドウが前面に出てくるのだとしたら、Firefox 14.0.1 自体に何らかの要因がある可能性が高いと考えられます。
それが仕様変更にもとづくのか、それとも不具合なのか、ぼくには判断できませんが...。

14.0 系の Firefox や Thunderbird をシステムの既定にしてまで動作を試す余裕はないため、自分で検証できなくてもしわけないのですが、とりあえずの比較報告と思いつく範囲での検証方法を申し述べてみました。
すでに対処済みだったり、当方の書き込みが的外れだったらすみません。

偶然的通行人さん、どうも有難うございます。

1 -----------------------------------------------------
先の書き込みで以下の通り書きましたが、
　　＞Tab Mix Plus 設定の「イベント」→「タブを開く」→「以下のタブにフォーカス」欄で
　　＞「新しいウィンドウに開くはずだったタブ」のチェックは外してあります。
これが偶然的通行人さんの書かれた、
「browser.tabs.loadDivertedInBackground」の真偽値を「true」にする
"スイッチ"でありました。
チェックを付け外ししつつ、about:config で見て確かめました。
よって、私はずっと「true」の設定で使用していることになります。

2 -----------------------------------------------------
直前バージョンである Firefox 13.0.1 にて、プロファイルマネージャーで新規プロファイルを作成し、
アドオンを入れず、about:config から手動で「browser.tabs.loadDivertedInBackground」の真偽値を「true」にして、
メーラーでメール内リンクをクリックしたときの動作を確認しました。

【Firefox が起動していないとき】
左クリックのみならず、中クリックしてもブラウザは最前面に出てきてウィンドウを開く

【Firefox が事前に起動しているとき】
大人しくバックグラウンドでタブを粛々と開いていく。
きちんと背面のままでいてくれるため、メーラーの方はそのまま動作を続行できる。
（たとえばタブキーでメール内記載のURL間を移動する、等々）

３ -----------------------------------------------------
次は最新バージョンである Firefox 14.0.1 で全く同じことを行いました。

【Firefox が起動していないとき】
左クリックのみならず、中クリックしてもブラウザは最前面に出てきてウィンドウを開く（13.0.1と同じ）

【Firefox が事前に起動しているとき】
最初に質問させて頂いたのと全く同じ症状。
やはり Thunderbird からフォーカスが外れてしまい、次の動作をショートカットキーで指令できない。

メール内URLをクリックしても、Firefoxが前面に出てこないので、一見良好に見えるのですが
（「browser.tabs.loadDivertedInBackground」の「true」が効いているのは確か）、
よく観察すると、メーラーでURLをクリックする動作中にURL文字列が細い破線で囲まれるのが、
クリックし終わった途端に、その破線が見えなくなるのが分かります。
（見えなくなるのは、バックグラウンドのアプリケーションを自分で前面に持ってきたときと同じ）

　 -----------------------------------------------------

お陰様で Tab Mix Plus 有効／無効で、切り分けを行うことが出来ました。
Tab Mix Plus は関係なかった。

Thunderbird 以外のメーラーを試すのはしんどいですが、Firefox と Thunderbird をセットで使うケースも少なくなさそう。
他にも不便に思われてる方がいらっしゃるのでは、と思う次第です。

長文、乱文、失礼致しました。

遅すぎるとは思いますが、これ、私のところでもまったく同じ問題が起きています。
AutoHotKeyを使ってマウスジェスチャを多用しているのでとても使いにくくなり、
そのせいでいまだに13.0.1を使い続けてます。こちらではメーラーはBeckyを使っています。
Firefox 17.0でも同じなので14以後の仕様が変わったのだと思っています。
他の皆さんは使いにくいと感じてないのでしょうか。

環境はWindows 7 Home Premium SP1 64bitです。
新しいプロファイルで browser.tabs.loadDivertedInBackground: true のみ
設定した状態でも、外部からのリンクを読み込むと（ウィンドウはバックグラウンドのままで）
フォーカスがFirefoxに移ってしまいます。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64; rv:13.0) Gecko/20100101 Firefox/13.0.1

あじ さんや wowser さんが困っておられる現象は、Bug 775400 ではないでしょうか。

775400 - external links sent to firefox cause firefox to steal focus
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=775400

Firefox 14 から Windows 上で発生するリグレッション (退行バグ) で、
browser.tabs.loadDivertedInBackground を true に設定すると、
フォーカスが (Firefox ではなく) デスクトップに移ってしまう、というものです。

2012 年 7 月に報告されたバグですが、現時点で修正の見通しは立っていないようです。

まさしくこれです。なるほど、デスクトップに移っていたわけですね。

現時点で修正の見込みは薄いようなのが残念ですが、バグだと分かったのですっきりしました。
ありがとうございました。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64; rv:17.0) Gecko/20100101 Firefox/17.0

うわぁ、私もすっきりしました。
wt00さん、教えて下さってどうも有難うございます。
まさに同じ現象が、紹介されたURLで議論されていました。
解決策がまだ無いとしても、現象がバグとして認知されていることで、少々安心致しました。

wowserさんが本トピックを上げて下さったお陰ですね。感謝です。


ご紹介のURLで、２０１２年７月に報告がされてるんだから開発者は怠慢だ、と不満を漏らしている人もいて面白かった。
「This bug is for a windows specific regression (e.g. not a Linux bug).」
という書き込みが最新ですね。
FirefoxだけでChromeでは大丈夫、という書き込みも有り。

Firefoxがバージョンアップする度に、今度こそ直っているかなと期待してはがっかりしていますが、
近いうちに解決されると良いなぁ。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64; rv:17.0) Gecko/20100101 Firefox/17.0