※質問するときは、フォーラムの利用に関するご案内 、とりわけ 質問するときは に目を通し、Firefox のバージョンだけでなく OS の種類やバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。
「全画面表示」というのは、[表示] -> [全画面表示] と同じ状態でアクティブになるということですよね。
「時間が経つと」については、一定の間隔でくり返すなど、何らかの規則性はありそうですか?
何者かが既定のブラウザ(Firefox?)を呼び出していて、その過程の中での特殊事情で全画面表示が実行されるなど、そういう観点から思い当たるようなことはありますか?
つまり、Firefox 本体内部で完結した問題というよりは、何かのアドオン、ツールバーなどが定期的に働く結果、Firefox をアクティブにして前面に押し出す動作するといった、アドオンや外部プログラムの影響で起こっているという可能性は考えられないか、ということです。
たしか Firefox 10.0 以降、フルスクリーン API が有効になったいたはずで、その影響もあるのかもしれませんが、当方ではそのような現象に遭遇したことはありませんし、セキュリティについても配慮されていたはずです。
何かが引き金になっているにしても、勝手に全画面化して最前面に出てくるような動作をするのは、ちょっと解せません。
個人的には聞いたことがない現象なので、にわかには原因も解決策もわかりません。
面倒でもここは次のトラブルシューティングを確認・実行して、地道に問題点の切り分けをおこなったほうがいいかもしれませんね。
(参考 - 公式サポート記事)
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基本的なトラブルシューティング
ストレートな解決策でなく申し訳ないですが、さしあたって以上です。的外れだったらすみません。