横から失礼します。
現在、RAM ディスクは使っていませんが、当方も Windows XP SP3 (32bit) + Firefox 13.0.1 です。
一介のエンドユーザーとして経験的に把握している事柄だけですが、いくつか気になる点があったのでコメントさせていただきます。
「ポップアップ」とおっしゃっているのは、ご質問の件名にもあるように RAM ディスクにおける「ディスク容量不足」に関するシステムからの警告ですよね？ ハードディスクの空き容量が極端に少なくなると出てくるような...。
【標準的な(?)キャッシュの保存場所について】
あるユーザー環境で使われているキャッシュ（Cache）の場所は、about:cache から確認できます（関連後述）。
当方の環境では、プロファイルとキャッシュの場所は次のようになっています。
（プロファイル）
C:\Documents and Settings\<UserName>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<ProfileName> ……
（X）
（キャッシュ）
C:\Documents and Settings\<UserName>\Local Settings\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<ProfileName>\Cache ……
（Y）
そして mozilla-media-cache は（Y）と同じ階層にあります。
C:\Documents and Settings\<UserName>\Local Settings\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<ProfileName>\mozilla-media-cache ……
（Z）
（X）の配下に、\mozilla-media-cache ……
（M）
のようにはなっていません。このため、（X）のプロファイルを RAM ディスクに配置したとしても、（Y）や（Z）のキャッシュを意識的に RAM ディスクに配置しない限り、キャッシュ類はハードディスク上で取り扱われます（たぶん）。
有曲鈍 さんのところでは、（Z）も RAM ディスクに配置するように設定しておられるのでしょうか？
この場合は、RAM ディスク側の設定で調整できそうな気がします。
それとも、（M）のような状態が自動的に発現し、意図していないにもかかわらず mozilla-media-cache が RAM ディスクに生成されるのでしょうか？
当方もいろいろ Firefox をいじってはいますが、プロファイルやキャッシュの場所は素のまま（つまり Firefox 任せで）使っていて、上述のようになっています。
当方の状態が異常なのかもしれませんが、もし強制的に（M）のようなディレクトリ構造で mozilla-media-cache が生成されるのなら、一度テスト用に新しいプロファイルを作り、RAM ディスクに読み込ませないでデフォルトのままハードディスク上だけで使ってみて、キャッシュの生成・配置がどうなるかを調べてみると何か手がかりが得られるかもしれません。
（参考）
・
基本的なトラブルシューティング
もしこれで（Z）のように mozilla-media-cache が生成されるなら、新しいプロファイルに引っ越した上でそれを RAM ディスクに反映させることで、 mozilla-media-cache を RAM ディスクから除外できるかもしれません。
【キャッシュ容量のコントロール】
具体的にどれだけの容量の RAM ディスクかは存じませんが、「必要最低限の容量のRAMDISKに設定している」とのことなので、キャッシュのように利用に比例して膨らんでいくデータが配置されていると、ご質問のようなことが起こる可能性は考えられます。（キャッシュ類を RAM ディスクに置くなら、相応の容量を確保した RAM ディスクにするのが望ましいと思います。）
目立つのは、動画など容量の大きいメディアのキャッシュということになりますが、Firefox 以外でも「必要最低限の容量のRAMDISK」に配置しているデータがあれば、同様に RAM ディスクを圧迫していく可能性は考えられます。
積極的にはお勧めしませんが、ひとつの方法としては about:config から
media.cache_size （初期値 512000 ≒ 512MB）
の設定値を、既存の RAM ディスクの容量を圧迫しない程度に小さくしてみることです。
しかしマルチメディアの場合、1 ファイルで 数百 MB の動画ファイルなんかもあり、かつキャッシュが不十分だと正常に再生できないケースもあったりしますし、再生のパフォーマンスはシステム環境にも大きく依存すると思うので、有曲鈍 さんのところで効果が上がるかどうかは、実際に試してみないと何ともいえないと思います。
【補足】通常のキャッシュとメディア・キャッシュ
すでに把握されていると思いますが、Firefox の通常のキャッシュ（Cache）と、HTML5 で再生するメディア（WebM など）で使われるキャッシュ（mozilla-media-cache）は、どうも個別に管理されているようです。
ご存知のように、通常のキャッシュは about:config の
browser.cache.disk.parent_directory
から Cache の配置場所（親ディレクトリ）を任意に指定できますが、これは mozilla-media-cache には効かないようです。少なくとも当方の環境では、Cache を移動できても mozilla-media-cache は Local Settings 内に残ります。
mozilla-media-cache について、現状で browser.cache.disk.parent_directory に相当する設定項目があるのかないのか、あったとしてどのような設定名を使うのか、そこまではわかりません。
有曲鈍 さんが書きました:
通常のFLASH版では作られないのでこれが原因と思われます。
Flash Player などプラグインを使ったメディア再生では mozilla-media-cache（Z）は使われません。
けれども、通常の Cache ディレクトリ（Y）配下にキャッシュが溜め込まれますし、プラグイン固有の情報キャッシュをプラグイン自身が溜め込んだりすることがありますね。（通常のキャッシュは RAM ディスクには配置されていないってことでしょうか？）
また、HTML5 メディアを再生する時、about:cache で状況を確認しても、mozilla-media-cache の情報は表示されません。
これらのことから、mozilla-media-cache は通常のキャッシュとは異なる系統の仕組みで管理されていると推測しています。
直接的な解決策ではなく申し訳ありませんが、とりあえず気がついた点だけ...。
的外れなことを書いてたらすみません。
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