はじめまして。
サンダーバードやSkype、夜フクロウといった外部アプリのリンクが開けません。
既存のブラウザ、デフォルトブラウザもfirefoxになっていることも確認したのですが。
ブラウザはfirefox12、OSはmacです。

　
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読んでその内容を理解した上で
　それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として正確な OS の種類と Firefox のバージョンぐらいは書き添
　えましょう。
＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧し
　て確認してみましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。
　
　
まずは以下の確認です。
Firefox を既定のブラウザにするには | 操作方法 | Firefox ヘルプ
Firefox を既定のブラウザに設定できない | トラブルシューティング | Firefox ヘルプ

上記でも改善されないようでしたら、以下を試して改善されるか確認してみましょう。
基本的なトラブルシューティング | トラブルシューティング | Firefox ヘルプ
　

今開けるようになりました！
原因は他のソフトウェアとの競合だったみたいです。
お騒がせして申し訳ありません

　
解決されて何よりです。

以下をお願いできますか。
　＃目的は、問題解決情報をユーザの皆さんでシェアするためです。

その原因となった他のソフトウェアの製品名とバージョンは何ですか？
そして、どのように競合していたのでしょうか？
競合を解決された具体的な方法は？