インストール後、FirefoxやThunderbirdのアイコンが無印になってしまいます。起動は正常にできます。発生頻度はほぼ100％、再インストールしたら正常に表示されますが、再起動後無印に戻ったりします。
無印時のアイコンの参照先を見ると、「ファイル %ProgramFiles%\Mozilla Firefox\firefox.exe が見つかりません。」となっています。正常に表示されている場合は、C:\Program Files (x86)\Mozilla Firefox\firefox.exeになっています。
2台のWindows7 64bit PCで、同じように発生します。

少し時間が経っていますが......。

一般に、ショートカットアイコンの生成・管理は Windows OS の役割です。
　| ソフトウェア内のツールバーのアイコンなどは、
　| そのソフトウェアの管轄です。

Firefox や Thunderbird を、インストーラを使って Windows 機にインストールする際、起動用のショートカットアイコンが自動生成されますが、これも OS の機能を使ってのことです。
インストール後にショートカットアイコンの内容を変更したりする機能は、Firefox や Thunderbird にはありませんから、Firefox や Thunderbird 側でどうにかできることではありませんし、Firefox や Thunderbird の不具合ということも普通は考えられません。


ショートカットとして機能はするが、アイコンだけが適切に表示されないという話なら、次のことが関係しているのかもしれません。
（参考）
・Windows 7 および Windows Vista のスタート メニューやエクスプローラ内の表示で、一部のアプリケーションのアイコンが適切に表示されないことがある

もうひとつ、管理者権限のあるアカウント（OS のユーザーアカウント）から Firefox や Thunderbird をインストールしたかどうかで Windows レジストリへの登録状況が変わってきて、その後の動作に影響します。そのあたりにも目を配ってみるといいかもしれません。
（参考）
・インストール手順 （Windows） | 操作方法 | Firefox ヘルプ
（記事には「Windows XP の…」とありますが、Vista や 7 でも同様です。）

明らかに Firefox や Thunderbird に問題があることを突き止めておられるなら、そのあたりの事情を具体的に明記して追加質問してください。
そうでないなら、ショートカットアイコンの問題については Windows 7 のヘルプやサポートを利用なさったほうが解決への近道だと思います。

とりあえず以上です。外してたらすみません。