現在、Firefox 5を使用していますが
ハードウェアアクセラレーションを使用していると
最速の描画性能が得られますが、同時にビデオカードもクロックアップし消費電力も増えます。

なので、ハードウェアアクセラレーションを制限し、それなりの描画能力と省電力を両立させたいのですが
描画頻度(fps)を制限するなどの方法はありませんでしょうか？

現状ですと、瞬間的には100FPSになることもあり、そうなると数秒間の間、GPUクロックが最高値まで引き上げられてしまいます。
この数秒間の間に、スクロールやページ遷移、コンテンツの更新と言った描画が発生することが多いため、なかなかクロックは下がりません。

なお、正直に言うと100FPSを超えることはまれで、
通常、ページ遷移、文章入力中は30～40fpsで、3段階あるうちの低・中クロックを行ったり来たりしています。
スクロール時などは50~70fpsぐらいになりこれくらいのレベルですとの最高クロックまで引き上げられてしまいます。

Firefox 4 beta、4，5と移行するタイミングで、いろいろ検索してみましたが
満足のいく解決方法が見つかりませんでした、今のは夏ですし、結構このことに不満を持つ人は多いと思うのですが…
現在は、HAを切って、CPUだけで描画しています。　せっかくver 5を使っているのでハード支援で描画したいのですが…

直接的な解答ではなく申し訳ないのですが......。

当方、ハードウェアが非力なためハードウェアアクセラレーションの恩恵に浴していません（苦笑）。
単純に好奇心からご質問に関する事柄をざっくり調べてみましたが、残念ながら Firefox 側からご要望のようなコントロールを可能にするユーザー設定は（現時点では？）見出せませんでした。

例えば、Windows 環境なら DirectX 経由でハードウェアとのやりとりがおこなわれているようですから、DirectX 側で何かうまい設定がないかを捜してみましたが、これも見出せませんでした。

もしかしたら、グラフィックボード / ビデオカード（のドライバ）側のユーティリティ・ソフトで、特定のアプリケーションに対するリソース配分のコントロールをできるものがあるのかもしれませんが、こちらは探すこと自体に手がつけられませんでした。
（もしこのようなユーティリティがあるなら、個人的にはその方向からのアプローチがもっとも現実的かと思います。）

（参考）すでにご存知ならすみません。
・Firefox 4: ハードウェアアクセラレーション << Mozilla Developer Street (modest)
＊ここにある「ご協力のお願い」などに応じつつ、今後の Firefox に搭載してほしい機能などをリクエストしていくのは、エンドユーザーでも可能な開発協力になると思います。

ご希望の答えではないと思いますが、とりあえず以上です。的外れなことを書いてたらすみません。

（余談）
テーマから少しズレますが......。
ご要望の動機には共感できますが、この種の設定項目はけっこう "危険" な部類に属するのかもしれませんね。
このようなコントロールがアプリケーション側で可能だとしたら、例えばご質問とは逆にむやみにパフォーマンス向上を志向するユーザーが無謀に高い設定をおこなうようなことも考えられ、これはこれで危ないと思うわけです。

ハードウェアは、いちアプリケーションが専有するものではないため、原則的には OS のコントロール下で各アプリが利用すると考えるのが妥当ではないでしょうか。
各アプリからハードウェア自体の動作条件を任意に変更できるとしたら、それはそれで競合が起こりやすくなる気がしますし...。
Firefox については、ハードではなく Firefox 側のレンダリング処理をコントロールするユーザー設定を実装してもらえれば、少しはご要望にそうようになるかもしれませんね。