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ご質問の主旨とは異なるかもしれませんが......。
Firefox 4.0 から、セーフモード起動の方法が変わりましたね。
Firefox 4.0 のプログラム内部の構造を知らないシロウトなので、Firefox 側の起動オプションの仕組みとかはよくわかりませんが、キーボードショートカットの扱いという点では、次のようなことが考えられます。
一例ですが、
Mozilla Firefox, Portable Edition のようなポータブルアプリケーションの場合、ランチャープログラム(この例では FirefoxPortable.exe)を指定して Shift + F1 を定義することで、Firefox 4.0 を通常モードで起動することは可能になるかと思います。
この考え方を応用して、ローカルにインストールしてある Firefox 4.0 の firefox.exe を直に指定してショートカットキーを定義するのではなく、間に何らかのランチャーやスクリプトなどをかまし、そのショートカットとして Shift + F1 を定義できるのであれば、[Shift] キー押下を伴う状態でも Firefox 4.0 を通常モードで起動することは可能ではないでしょうか?
余計なプログラムを動かしたくないなら、この方法は選択肢にすらなりませんが...。
Firefox 側でセーフモード起動の仕組み(キー指定)を変更できる方法があるなら、それに越したことはないのでしょうけど、まあ別解的なアイデアとして参考になればってことで。
的外れだったらすみません。