最後のタブを閉じたときにウィンドウを閉じるか残すかの設定は
about:configで、browser.tabs.closeWindowWithLastTab を 設定すればいいと思うのですが、falseに設定したところでウィンドウは閉じてしまいます。

ほかの質問等を見ると、問題なく設定が反映されているように見受けられるのですが、
私の環境ではなにも変わりません。設定が反映されない原因となる、ほかの設定との依存関係がある等の、解決の糸口になるようなことがありましたら、教えてください。

firefox ver: 3.6.8
add on: tab mix plus

tab mix plusを入れているからです。
これの設定をじっくり、ゆっくり見直してみてください。

ありがとうございます。
TabMixPlusを入れながら、about:confgをいじったのがいけなかったのかもしれません。
firefoxをインストールしなおし、browser.tabs.closeWindowWithLastTabの設定が反映されるかを確認した上で
tabmixplusをインストールしなおし、設定できることも確認しました。