Mac環境で使用しています。OSは、10.5系（職場）、10.6系（自宅）どちらでも起こります。
現状、Firefoxは最新版（3.6.6）ですが、以前から起こっていた問題です。
起動中のFirefoxをDockに格納した状態で、ThunderbirdなどからリンクURLをクリックしても、FirefoxがDockから飛び出してきません。（以前は飛び出していました）
ただ、画面遷移だけはしているようで、FirefoxをDockから出すと画面遷移はしています。

Profileも含めたFirefoxの完全削除、アドオンの全て削除なども試しましたが、効果無しです。

2chなどでは同様の症状の方も一部見られますが、解決方法が見つかりません。
対策について分かる方ご教授お願いいたします。

　この問題、自分だけ起きているのかと思ったのですが、同じ問題が起きる方がいたのですね。
　私は...後ろ向きな解決策で申し訳ないのですが、会社のマシンは Firefox 3.5.10 にダウングレードしました(8月まではサポート継続されているので。自宅ではSeaMonkeyを使ってます)。
　ちなみに私の環境でも再現します。(職場 OS X 10.6.4,Core 2 Duo /自宅 OS X 10.6.4,Core Duo)...32bitCPUでも、64bitCPUでも関係なく再現するようです。

Mozilla/5.0 (Macintosh; U; Intel Mac OS X 10.6; ja-JP-mac; rv:1.9.2.6) Gecko/20100625 Firefox/3.6.6

Mac OS X 10.6.4 の新規プロファイルで確認しました。これ、再現しますね。
Bugzilla をざっと見た限りでは報告されていなさそうです。
ずばりの回避方法もなさそうな・・・

# 余談ですが、次期 Firefox の開発版 4.0b1 Build1 や trunk では再現しません
# ytooyama さんとかぶってしまった・・

どうやら、解決出来ない問題のようですね・・・
でも、同じような環境でも、この問題が起こっていない人もいるようですし、何なんでしょうね？？？
この問題が解決されたバージョンが早くリリースされることを望みます。
お返事頂いた方々、どうもありがとうございました！

本日リリースされた (2010-07-20) Firefox 3.6.7 では当問題は解消しているように見えますが、皆さんの環境ではいかがでしょうか？

環境：Mac OS X 10.6.4, Firefox 3.6.7

当方の Mac OS X 10.5.8 , Firefox 3.6.7 の環境でも
問題解消している様に見受けられます｡

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[ macOS 14 Sonoma] iMac (27-inch, 2019) Intel Core i5 3.0GHz, Built-in SSD 512GB, RAM 40GB

トピック投稿者さんの報告はありませんが、当問題は Firefox 3.6.8 でも再現しませんので、解決したということでこのトピックはロックしました。