Mac　OS10.5　PowerPC　G5　です。FireFOX　以前は開いたPDFが3.5に更新したとたんに開かなくなりました。

Mac OS X の Firefox (Safari もですが) は標準では PDF を表示できないため、Firefox PDF Plugin for Mac OS X 1.1.1 か PDF Browser Plugin を利用しなければなりませんが、何をお使いでしょうか？

Firefox PDF Plugin for Mac OS X 1.1.1 をお使いでしたら、現在のバージョンは Firefox 3.5 に対応していますし、私の方では問題なく利用できています。
PDF Browser Plugin は 2.3.1 が 2009-04-30 にリリースされていていますが、Firefox 3.5 のサポートはアナウンスがありませんし、私はずいぶん前に使用しなくなったのでわかりません。
ちなみに 2.2.3 だと Firefox 3 以上に対応していなかったような記憶があるのですけど。

# PDF Browser Plugi 2.3.1 は Intel Mac に対応したようですね。

どのサイトで見られないのでしょう、見られないサイトを例示出来ませんか？
ちなみに Mac OS X ではプレビューでPDF表示が可能です。
以下は私のサイトなのですが、下記のPDFは表示出来ませんか？
http://mozjp.hp.infoseek.co.jp/index.html