「nautipolis-1.0.1-tb.jar」というテーマを登録したところ、１．５に対応してなかったようなので削除しようとしたのですができません。
通常に起動しても、セーフモードで起動してもどちらも設定・削除・更新等のボタンがすべてグレー表示になってしまいます。

前者という推測で書きますね。
私だったらという方法ですので自己責任でお願いします。

・プロファイルフォルダ内の extensions フォルダ内から該当のテーマファイルが残って
　いたら手動で削除します。(Thunderbird は終了させた状態で)
　C:\Documents and Settings\<Windows login/user name>\Application Data\Thunderbird\Profiles\<Profile name>\extensions
　nautipolis-1.0.1-tb.jar の ID は、6C4BAFB6-2AC2-4405-A98D-546B55B3AE92
　なのでこれを手がかりに探し出します。
　（この番号でフォルダが作成されているはずです）

・それでも残骸が残っているのなら、以下のプロファイル内のファイルを一旦他の場所に
　移動させます。（念のため、順番にひとつづつ・・・・・・）
　extensions.rdf
　extensions-startup.manifest
　extensions.cache
　extensions.ini
　Thunderbird を再起動して上記ファイルが再生成されていて問題なく動作するのを
　確認したらＯＫ。

・これでもダメな場合は、あきらめてプロファイルを作り直します。

# 本体のバージョンに対応した物を導入する前によく確認しましょう。

該当のフォルダもファイルも見つけられなかったのでプロファイルを作り直しました。