thunderbirdを起動してツール→アドオンと開き、テーマタブから新しいテーマを入手のリンクをクリックするとfirefoxでthunderbirdのテーマのページが開きます。カテゴリからpersonaを選択、気に入ったテーマを選んで「thunderbirdへ追加」のボタンをクリックしますが、firefoxの方のテーマに保存されてしまい、thunderbirdでは選択することができません。

インストール後に Thunderbird を再起動させるとツールバーの「ツール」配下に Personas
のメニューが出てきますのでそこからお好きな Personas テーマを適用してください。
尚、Thunderbird のデフォルトテーマを使用していないと Personas は有効になりませんの
で注意してください。

手順が間違い、とのことですが、ということはツール→Personasとたどり、その中にある「新着と特集」や「人気」、「すべて」等から選択する方法しかないのでしょうか。

教えていただいた方法であれば、質問するまでもなく承知しておりまして、現在も好みのテーマを使用しているところです。

ただ質問に書いたように進めていくと新たにテーマを探す場合に、テーマのイメージがつかみやすかったり探しやすかったりするのでそちらの方法が可能ならば、という次第です。

ほかのアドオンですと同様の手順でThunderbirdからツール→アドオンとして「すべてのアドオンを参照」でFirefoxで「Add-ons for Thunderbird」のページが開き、そこで選んだものは自動的にThunderbirdのアドオンに登録されます。Firefoxのアドオンに登録されることはありません。

ですから、Personasのテーマも「Thunderbirdへ追加」という表示のボタンなのでThunderbirdに登録されるのが正常で、なにかこちらの操作や設定に不備があるのだろうと思っての質問でした。