ありがとうございます。

TabMixPlusの設定でも「最後のタブ～」は有効になっています。
また、TabMixPlusを無効にしてみたりしても同様でした。

Tab Mix Plusでの設定が優先されているのでは？
ご確認を。

はじめまして。

件名の通りなのですが、"browser.tabs.closeWindowWithLastTab"の値を
"false"にしても最後のタブを閉じるとウインドウも閉じてしまいます。
一旦"true"にしてもう一度"false"にしても同様です。

環境は以下のとおりです。

Win10 (Creators Update) 64bit
Firefox 53.0.3 (32 ビット)

アドオン：
Tab Mix Plus
All-in-One Sidebar
Speed Dial

よろしくお願いします。