（１）ブックマークを消失した
（２）Xmarks にログインできない（バックアップで同期できない）
という２つの問題ですね。
（１）ブックマークの復元（救出作戦）
ブックマークの保管ファイルは places.sqlite というファイルです。
更新する前のプロファイルフォルダが残っているのならその中から拾い出して
復元できます。
[手順]
・Firefox を終了させる。
・更新前の元の places.sqlite をバックアップコピー。
・更新したプロファイルフォルダ内の以下のフォルダとファイルを削除。
bookmarkbackups フォルダ、places.sqlite 、places.sqlite-journal ファイル
・更新した現在のプロファイルフォルダ内にバックアップコピーした places.sqlite
を入れる。
・Firefox を起動させてブックマークが戻っているか確認。
（２）Xmarks へのログインと同期（復元）
更新したプロファイルに再度 Xmarks を入れて設定ウィザードからやり直す。
アカウントの ID、パスワードの間違いが無ければログインして同期（復元）でき
ます。（PIN コードも利用していたらそれも忘れずに）
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読むのをお勧めします。
＊環境として OS の種類、Firefox のバージョンぐらいは書き添えましょう。
＊Xmarks の問題は「拡張機能・テーマ」フォーラムで扱うのがよろしいかと思います。