kanmon-neko さん、EarlgreyTea です。

[quote="kanmon-neko"]考えられ得る設定の見落としなどありそうでしょうか？[/quote]
設定云々以前に再現方法の見当がつかないです。

[quote="kanmon-neko"]thunderbird内に設定されているアカウント一つだけです。[/quote]
アカウントが1つだけなら規定のアカウントの設定も（そもそもできないので）関係ないでしょうし。
念の為確認ですが、以前複数アカウントだったけど削除して１つにした・・・ではないですよね？

[quote="kanmon-neko"]ローカルに保存したメールから返信をすると、なぜか”送信する相手によって”差出人欄が空白になる現象[/quote]
相手というか特定のメールだと思います。
その返信元メールのソースを調べて原因を探るしかないでしょう。
ソースを見るのは選択して Ctrl+U でできます。
また、「メッセージを保存」すると拡張子.emlのテキストファイルに保存されますので、それをテキストエディターで開いてください。

私が直接見られればいいのですが、そういうわけにもいかないでしょう。
今のところ、ここを見てくださいと確定的には言えませんが、とりあえず宛先がどうなってるのか知りたいと思います。
To: がどうなってるか、それとも Cc: とかで指定されているのか・・・あたりかな。

別のアプローチとして、
プロファイル内の設定に原因がないか、まず新しいプロファイルで動作確認してみてもいいでしょう。
下記を参考にしてみてください。

[url=https://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=18363]新しいプロファイルで Thunderbird の動作確認する方法[/url]

thunderbird ver : 78.11.0
OS ver : Windows10 Pro 20H2

Office365のアカウントをIMAP接続し、アカウント直下の受信トレイからローカルの受信トレイに振り分けて運用しています。

アカウントの受信トレイのメールから返信をした時には差出人に設定したアカウントのメールアドレスが入っているのですが、ローカルに保存したメールから返信をすると、なぜか”送信する相手によって”差出人欄が空白になる現象が発生しています。
（その場合もプルダウンでアカウントを選択することは可能です）

thunderbird内に設定されているアカウント一つだけです。

考えられ得る設定の見落としなどありそうでしょうか？