自動的に適用されるメッセージフィルターは、受信トレイの新着メールにしか作用しません。
したがって、受信トレイ以外のフォルダーに対して、一定日数経過を条件としたフィルターを適用させるためには、
個別に対象フォルダーを指定して手動で適用する必要があります。
また、ご希望の動作を実現するような拡張機能ですが、残念ながら私には心当たりはないです。

アカウントは関係ありません。
はたまた動的にフォルダ名が変わる物でもありません。
普通に1アカウントでカテゴリーごとにフォルダ別けしています。

[quote="Babbles55"]一定期間経過後自動的にローカルフォルダに移動させたいです。[/quote]
これに関しては、メッセージフィルターの条件に「送信日からの日数」というのがありますので、それで実現可能かと思います。

[quote="Babbles55"]いくつかの特定フォルダ内のメールを、[/quote][quote="Babbles55"]「毎回開いてターゲットフォルダを選択」してというのが面倒です。[/quote][quote="Babbles55"]フィルタ条件に「特定フォルダ」を設定できれば解決するのですが、[/quote]
「特定フォルダ」というのは複数あって、さらに複数アカウントについて処理しようとしていて、もしかするとそれは固定でなく変化するのでしょうか？
その辺の事情があいまいなのでよくわかりませんが、運用から考え直したほうがいい気がします。

各種アカウントはIMAPで接続しています。
いくつかの特定フォルダ内のメールを、一定期間経過後自動的にローカルフォルダに移動させたいです。
※POP3は使いません。

メッセージフィルターでできると言えばできますが、
「毎回開いてターゲットフォルダを選択」してというのが面倒です。

今のところ、
フィルタ条件に「特定フォルダ」を設定できれば解決するのですが、
アドオンも含め、自動的に特定フォルダ内メールを移動させる方法は無いでしょうか？

よろしくお願いします。

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Windows10 / Thunderbird 60.3