どのようなフィルターを設定されているかの情報がありませんので推測になりますが、
まず思いつくこととして、追加したフィルターが最初に処理されて、
既存のフィルターが動作する機会がない状況になっているとかが考えられます。
そういう観点で見直してみましょう。
フィルターの順番を入れ替えたらどうなりますか？

[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]以前より、メッセージフィルターを使用し、[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]メール受信と共に、フォルダ分けをしていましたが、[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]新たに1つメッセージフィルターを作成したら[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]新規フィルターと今まで使用していたフィルターも[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]なぜか適用されなくなってしまいました。[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]
[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]有効にチェックもついていますし[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]実行もしてみましたが[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]「実行中」など何も表示されず、適用もされません。[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]
[/highlight][/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]何か解決方法がありましたら教えていただきたいです。[/highlight][/size][/font][/color]

[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]
[/highlight][/size][/font][/color]
バージョン[/highlight][/size][/font][/color][color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4]52.2.1 (32 ビット)[/size][/font][/color]
[color=#323d4f][font=Lucida Grande, Trebuchet MS, Helvetica, Arial, sans-serif][size=4][highlight=#efefef]WINDOWS10[/highlight][/size][/font][/color]