[b]meeyarさん、
ありがとうございました。
解決しました。
教えていただいたセーフモードでの起動、そしてアドオンの確認をすることで
表示が戻りました。

ちなみに、アドオンの"Custom Address Sidebar"が原因だったようです。
Thunderbirdの更新(52.3.0)を行ったあたりに上のような状況がおこった
ような気もするので、そのアドオンとの互換性なのかもしれませんね。

どちらにしろ、すっきりしました。

どうもありがとうございました。
[/b]

[quote="N/A"]フルスクリーンモードではないんです、これが。

一旦、メニューバーの「表示」からフルスクリーン表示にしてみて、
それをもとに戻してもボタンは戻ってこないんです。[/quote]
外してましたか…

Thunderbirdの全ての画面(メインの画面、メール作成画面、そのほかなど）でそのようになりますか?
あと、ひょっとするとOS(のバージョン)依存の可能性もゼロではないので、Macのバージョンもお書きください。
同じバージョンの方からレスつくかもしれません。
※OS X 10.10.5+Thunderbird52.3.0では再現しませんでした。

ちょっと現時点で原因を絞れないため、基本的な[s]トラシュー[/s]トラブルシューティングとして、セーフモードと新規プロファイルを試してみてください。
これらで改善すれば、使用しているアドオンとか個人の設定・環境依存である可能性が疑われます。
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/safe-mode]Thunderbird のセーフモード | Thunderbird ヘルプ[/url]
[url=https://support.mozilla.org/ja/kb/using-multiple-profiles]複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ[/url]

フルスクリーンモードではないんです、これが。

一旦、メニューバーの「表示」からフルスクリーン表示にしてみて、
それをもとに戻してもボタンは戻ってこないんです。

フルスクリーン表示のときに、カーソルを画面の上まで持っていくと「３つの
ボタン」（真ん中の黄はこのときはグレーアウトしています）は出てくるので
すが、その「緑」のボタンを押下してフルスクリーン表示を終了させた後には、
やはり「３つのボタン」はあるべき場所に表示されないのです。

フルスクリーンモードにしたとかじゃなくてですか？
https://support.apple.com/kb/PH21860?locale=ja_JP&viewlocale=ja_JP

MacにおいてThunderbird 52.3.0を使用しておりますが、左上の三色のボタン
(「閉じる」「最小化」「最大化」の赤黄緑のやつ）が表示されなくなってしまいました。
何か設定を触ってしまったのかわかりません。
どうすれば元通り、表示されるようになるのでしょうか？
どなたかご教授いただけるとありがたいです。