ありがとうございます。
本来削除すべきではないのですがprofile内のprefs.jsを削除して再起動したらプラグインがすべて表示されました。

自己解決しましたのでご報告まで

厳しいようですが、ここはFirefox Portableのフォーラムではありませんので、ご期待の解決策は得難いかもしれません。

Firefox Portableのサポートなどでお問い合わせになられたほうが、早いかもしれません。

Firefox PortableにSilverlighプラグインを手動でインストールしましたが何度やっても動作しません。
インストールの手順方法はパソコン本体にインストールしてある「C:\Program Files\Microsoft Silverlight\4.0.60310.0」フォルダの中身を丸ごと「FirefoxPortable\Data\plugins」フォルダ内にコピーした後再起動しましたがアドオン内のプラグインには入っておらずYahoo!系のサイトでは「ご覧いただくには、Microsoft Silverlightが必要です。」と表示されます。

よくある質問やヘルプなどで検索して該当する答えはみつからないのですがSilverlighプラグインを動作させるにはどうしたらよいですか？
ちなみにShockWave FlashプラグインとWWindowsMediaPlayerプラグインはインストールできて正常に動作しています。

Windows Xp ＳＰ３
Firefox Portable3.6.1.7