プロファイルの場所については
[url=http://www.mozilla-japan.org/support/thunderbird/profile]Thunderbird Help: プロファイルの管理[/url]
をご覧ください。
メールデータについてはプロファイルフォルダ内のMailフォルダに保存されています。
Linuxは触ったことがないので断言できませんが、ＷｉｎｄｏｗｓでもLinuxでもメールデータの形式は同じmbox形式ですから、そのままコピーしてやれば問題ないと思います。
念のため、コピーする前にファイル -> フォルダの圧縮をおこなうことをお勧めします。

WindowsのThunderbird のデータを Linux の環境へ以降するには、単純に~/.thunderbird/にコピーするだけでよいものなのでしょうか？

それが可能であるなら、Windows の Outlook Express のメールを Linux の Thunderbird へ移行するには、一旦 Windows の Thunderbird の以降ツールでインポートし、それをLinux の~/.thunderbirdとしてコピーするだけでよいので簡単なのですが正しく移行できるものなのかどうか不安です。どなたかご教授ください。